Свою борьбу против коррумпированной финансовой системы Джексон продемонстрировал крайне отрицательным отношением ко Второму банку США, который был ранее создан в качестве частно-государственного финансового учреждения, призванного обеспечивать стабильность валюты, финансирование центральных государственных учреждений и другие государственные расходы. Помощники Джексона обнаружили ряд действительных злоупотреблений со стороны частных вкладчиков, в результате чего президент пришел к выводу, что расправа с этим банком продемонстрирует его намерение бороться против коррупции. В первом годовом послании Конгрессу (декабрь 1828 г.), с сожалением признав, что у него нет законных оснований для закрытия банка, срок лицензии которого истекал только в 1836 году, президент заявил, что значительная часть сограждан ставит под вопрос законность существования этого банка, который «в значительной мере потерпел провал в создании единой и твердой валюты».
Между президентом и руководством банка во главе с Николасом Биддлом развернулась подлинная война. Используя финансовые рычаги, Биддл привлек на свою сторону как конгрессменов в Вашингтоне, так и ряд видных деятелей из администрации штатов. Эти действия были не без основания использованы Джексоном, чтобы подтвердить коррупционные связи чиновников и незаконное политическое могущество финансового капитала. Народные деньги используются коммерческими элитами в своих эгоистических интересах, повторял он.
Большинство Конгресса оказалось на стороне банкиров. В 1830 г. Джексон возобновил наступление, внеся предложение создать Национальный банк, который полностью находился бы под руководством Департамента казначейства. Конгресс отклонил эту инициативу. Сражение вокруг банка продолжалось несколько лет. В 1832 г., как раз во время второй предвыборной кампании Джексона, Конгресс принял закон, продлевавший лицензию Второго банка, на который президент наложил вето, причем его обоснование носило острополемический характер. Президент противопоставлял «плантаторов, фермеров, механиков и рабочих» «денежным интересам» и приходил к выводу, что само существование Второго банка является антиконституционным.
Хотя банк оказал огромную финансовую помощь сопернику Джексона на выборах Генри Клею, антибанковская риторика, которая лежала чуть ли не в основе всей избирательной кампании 1832 г., принесла Джексону вторую победу. Опираясь на этот успех, президент добился перевода государственных вкладов из банка Биддла в несколько десятков частных банков в различных штатах. Второй банк ответил ограничением кредитов, а это привело к тому, что в самых различных кругах стала развиваться раздуваемая сторонниками Джексона кампания против господства финансового капитала вообще. Биддл был вынужден согласиться на превращение его банка в частное финансовое учреждение, действующее только в Пенсильвании. Джексон торжествовал. «Я убил Второй банк, хотя он пытался убить меня!» — заявил он. «Банковская война» действительно увенчалась победой Джексона благодаря его настойчивости и авантюризму — почти так же, как завершались успехом его военные акции, в исходе которых первоначально сохранялись серьезные сомнения. Исход «банковской войны» Джексон считал главным своим достижением в области внутренней политики в президентские годы.
Перераспределение средств между банками, создание массы частных средних и мелких банков по всей стране имело противоречивые результаты. Часть банков быстро разорялась, возникали серьезные опасения за свое богатство и имущество в предпринимательских кругах. Беспокойство на рынке усиливало инфляцию. Джексон попытался бороться против нее, издав в июле 1836 г. циркуляр о том, что все земельные сделки должны проводиться только на базе золотых, серебряных денег или бумаг, содержащих финансовые обязательства, касающиеся земельных владений. Продажа земли за бумажные деньги запрещалась. Вопреки ожиданиям президента это не только не привело к улучшению финансовой ситуации, а усилило инфляцию. Ценность бумажных денег стала падать еще быстрее.
В следующем году Конгресс попытался отменить циркуляр Джексона, но вновь натолкнулся на президентское вето, которое преодолеть не смог.
В 1837 г. возникла даже финансовая паника, ведшая к еще большему усилению инфляции, которая с трудом была преодолена путем печатания бумажных денег. Без каких-либо новых административных актов бумажные купюры вновь приобрели полноценное хождение, а президент сделал вид, что просто этого «не заметил».
Экономика США развивалась по своим внутренним законам. Становилось все более ясным, что государственное вмешательство в хозяйственные дела, тем более мало компетентное, чревато непредсказуемыми результатами. Упрямый Джексон не считался с фактами до конца своего правления.