Потенциально союзный немцам финский ВМФ насчитывал 2 броненосца береговой обороны, 5 подводных лодок, 4 канонерских лодки, 10 минных заградителей, 25 тральщиков и 20 катеров. Однако, благодаря дальновидной политике советского руководства, финский флот в боевых действиях не участвовал. Исключение составили лишь тайные минные постановки с подводных лодок, которые финские ВМС проводили под давлением немцев.
Советский Краснознаменный Балтийский флот (КБФ) включал в себя 2 старых линкора типа «Севастополь», построенных еще перед первой мировой войной и модернизированных в начале тридцатых годов, 2 легких крейсера, 12 (19) эскадренных миноносцев, 7 сторожевых кораблей, 75 (33) тральщиков, 16 (4) минных заградителей, 46 (65) подводных лодок, 16 (2) подводных минных заградителя, 30 (63) торпедных катеров, 62 (30) сторожевых катера и охотника за подводными лодками, 656 боевых самолетов[2]
.В ночь на 22 июня и немцы и КБФ одновременно начали активные минные постановки, в ходе которых произошло несколько боестолкновений между минными заградителями и кораблями охранения[3]
. КБФ приступил к выполнению разработанного плана минной войны. К 1 июля устье Финского залива было перекрыто сильной минно-артиллерийской позицией. Фланги позиции прикрывали тяжелые береговые артиллерийские батареи на полуострове Ханко и на мысе Тахкуна острова Хиума. Устье залива перегородили 12 минными линиями. 4 линии мин предназначались против малых кораблей, 4 — против подводных лодок и 4 — против крейсеров и эсминцев. Всего было выставлено 6378 мин и 1584 минных защитника. Немецкий флот, стремясь запереть наши корабли в Финском заливе, также выставил у входа в залив плотные минные заграждения. У входа в Рижский залив в Ирбенском проливе минные заградители Балтийского флота также создали мощное минное заграждение, прикрытое береговой батареей на мысе Сырве острова Сарема. Подводные лодки-минзаги и воздушные минные заградители ТБ-3М каждую ночь выставляли минные банки у входов в военно-морские базы Германии и у входа в Ботнический залив.За первые три недели боевых действий, Балтийский флот потерял один эсминец, два минных заградителя и три тральщика, в основном от подрывов на минах. Немецкий флот потерял один три транспорта, миноносец и два тральщика.
После окружения 4-ой танковой группы у Пярну, для переброски войск из Финляндии, организации снабжения окруженной группировки и оказания ей артиллерийской поддержки, в составе германского ВМФ был создаван флот Балтийского моря в составе новейшего линкора «Тирпиц», двух «карманных» линкоров «Лютцов» и «Адмирал Шеер», двух старых линкоров «Шлезиен» и «Шлезвиг-Гольштейн», четырех легких крейсеров «Эмден», «Лейпциг», «Нюрнберг» и «Кельн», 8 эсминцев, 10 миноносцев, 26 тральщиков, 7 подводных лодок, 28 катеров, большого количества транспортных судов и десантных паромов.
Вечером 15 июля из порта Кенигсберг вышел конвой в составе 8 транспортов и 16 десантных паромов общим водоизмещением 27 тысяч тонн. Груз составляли боеприпасы, запчасти, горючее и продовольствие для 4-ой танковой группы. В охранение конвоя входили восемь тральщиков, два эсминца, шесть миноносцев и 15 катеров. Ближнее прикрытие конвоя осуществляли легкие крейсера «Эмден» и «Лейпциг» в сопровождении двух эсминцев, шести катеров и четырех тральщиков. На случай появления линейных кораблей Балтфлота в отдалении конвой сопровождали тяжелые крейсера «Лютцов» и «Адмирал Шеер» с четырьмя эскадренными миноносцами.
По плану немецкого командования, тяжелые крейсера должны были подойти к устью Финского залива и воспрепятствовать выходу из него тяжелых кораблей Балтийского флота. Легкие крейсера имели задачей прикрытие конвоя от атак советских эсминцев, дислоцированных в портах Рижского залива. Воздушное прикрытие конвоя возлагалось на 1-й и 5-й воздушные флоты.
Согласно плану действий Балтфлота в поддержку операции «Нептун» командование КБФ разместило в Рижском заливе следующие силы флота: в порту Куресаре на острове Саремаа — дивизион эскадренных миноносцев из 7 кораблей, в порту Виртсу — дивизион из 7 сторожевых кораблей, в порту Мынту на полуострове Сырве в узости Ирбенского пролива — бригаду торпедных катеров, в порту Куйвасту на острове Муху — два дивизиона малых подводных лодок из 11 единиц. На траверсе Лиепаи, поперек всего Балтийского моря был развернут постоянно действующий дозор из 9 подводных лодок типа «С».
На островах Моонзундского архипелага размещалась смешанная авиадивизия в составе двух штурмовых, двух истребительных и одного бомбардировочного полка флотской авиации. Командование КБФ и наркомат ВМФ сумели уберечь флотскую авиацию от использования против наземного противника во время сражения у Саласпилса, на чем настаивало руководство Прибалтийского фронта. Наркому ВМФ Н. Г. Кузнецову пришлось, даже, обращаться по этому поводу к Верховному Главнокомандующему. Благодаря этому, к середине июля авиация КБФ сохранила почти штатный состав.