Антисоветская оппозиция на I Съезде народных депутатов СССР организационно оформилась как Межрегиональная депутатская группа, программа которой была изложена в «Тезисах к платформе МДГ» в сентябре 1989 года. МДГ сразу стала использовать «антиимперскую» риторику и вступила в союз с лидерами сепаратистов. Два главных требования МДГ сыграли большую роль в дальнейшем процессе — отмена 6-й статьи Конституции СССР (о «руководящей роли КПСС») и легализация забастовок. Был также выдвинут лозунг «Вся власть Советам!» как средство подрыва гегемонии КПСС (впоследствии Советы были объявлены прибежищем партократов и стали ликвидироваться). Вопрос об отмене 6-й статьи не был включен в повестку дня II Съезда народных депутатов СССР Верховным Советом СССР (не хватило нескольких голосов). Перед открытием Съезда 12 декабря 1989 года МДГ обратилась с призывом ко всеобщей политической забастовке в поддержку требований об отмене 6-й статьи. Но большинство на Съезде также отказалось включить вопрос в повестку дня.
На III Съезд сама КПСС, согласно решению состоявшегося накануне Пленума ЦК КПСС, внесла «в порядке законодательной инициативы» проект «Закона СССР об изменениях и дополнениях Конституции СССР по вопросам политической системы (статьи 6 и 7 Конституции СССР)». Отмена 6-й статьи была «упакована» в один пакет с необычным изменением (введением поста Президента). «Послушное большинство» приняло этот закон; правовая основа, на которую опиралась руководящая роль КПСС, была устранена, что вынуло стержень из всей политической системы государства.
Президент СССР (бывший одновременно Генеральным секретарем КПСС) вышел из-под контроля партии. Её Политбюро и ЦК были сразу практически отстранены от участия в выработке решений. Упразднение в 1989 году номенклатуры вместе с лишением КПСС правовых оснований для влияния на кадровую политику освободило от контроля партии республиканские и местные элиты. Государственный аппарат превратился в сложный конгломерат сотрудничающих или противоборствующих групп и кланов.
Легализация забастовок дала мощное средство шантажа союзной власти и поддержки политических требований антисоветской оппозиции — лидеры МДГ прямо призывали шахтеров Кузбасса бастовать, и эти забастовки сыграли большую роль в подрыве государства.
В январе 1990 года было создано радикальное движение «Демократическая Россия» («демократы»), которое положило в основу своей идеологии антикоммунизм. Другим типом антисоветских движений были возникающие националистические организации, которые готовили почву для конфликта как с союзным Центром, так и с национальными меньшинствами внутри республик.
Консервативная оппозиция ни в органах власти, ни в КПСС организоваться не смогла. Те народные депутаты, которые были не согласны с изменениями («агрессивно-послушное большинство»), образовали рыхлую группу «Союз». Она, однако, не выработала ни платформы, ни программы действий, выражалась туманными намеками. Воспитанные в советской системе люди не могли перейти психологический барьер и открыто выступить против руководства КПСС.
С первых лет перестройки велась жесткая идеологическая кампания против КГБ, МВД и армии как систем, обеспечивающих безопасность государства и общественного строя. Считая их личный состав наиболее консервативной частью советского государства, идеологи перестройки стремились организационно и психологически разоружить эти структуры. Велась работа по разрушению положительного образа всех вооруженных сил в общественном сознании и по подрыву самоуважения офицерского корпуса. Военное руководство было отстранено от участия в решении важнейших военно-политических вопросов. Так, поразившее весь мир заявление М. С. Горбачева 15 января 1986 года о программе полного ядерного разоружения СССР в течение 15 лет было неожиданностью для военных.
Были спровоцированы (с участием преступного мира и западных спецслужб) очаги насилия под этническими лозунгами. Во время вспышек насилия в Ферганской долине, Сумгаите, Нагорном Карабахе армия и правоохранительные органы сначала предпринимали попытки пресечь действия провокаторов и преступников — и тут же из Москвы поступала команда отступить — «Нельзя применять силу против своего народа!». Насилие вспыхивало с удвоенной силой, а государство, не выполнив своей обязанности, теряло авторитет. При этом в Москве проводились демонстрации против «преступных действий военщины».
А. А. Собчак писал: «За десятилетия сталинизма глубоко укоренились в нашем общественном сознании антигуманные представления о безусловном приоритете ложно понимаемых государственных интересов над общечеловеческими ценностями… Необходим общий законодательный запрет на использование армии для разрешения внутриполитических, этнических и территориальных конфликтов и столкновений».