Еще один эпизод, показавший, какая враждебная волна стала подниматься против Галилея, произошел в 1614 году, когда священник-доминиканец Томмазо Каччини (1574-1648) в проповеди обвинил ученого в ереси из-за гелиоцентрических воззрений. И вновь в качестве доказательства был взят текст из книги Иисуса Навина. На главного мыслителя эпохи начали открыто показывать пальцем.
По мнению историков, желание Галилея ограничить роль теологии в науке, которое он изложил в нескольких письмах к Кристине Лотарингской, матери Козимо II Медичи, оказало огромное влияние на вынесение последующего предупреждения. Кристина была очень образованной женщиной, окружавшей себя гуманистами и мыслителями, чтобы общаться на самые разные темы. В одной из этих бесед принял участие Бенедетто Кастелли, ученик Галилея, в то время преподававший математику в Пизе. В споре было затронуто коперниканство и прозвучало мнение, что эта доктрина противоречит Святому Писанию. Кастелли встал на защиту независимости науки от теологии. Позже он рассказал об этом случае Галилею, а тот ответил ему в «Письмах Кастелли» от 1613 года, где ясно излагал свое мнение. Двумя годами позже он дополнил их «Письмом Кристине Лотарингской» (которое распространилось во множестве копий, но напечатано было только в 1636 году).
Это письмо, в котором отстаивалась свобода науки от теологии, привело некоторых церковников в бешенство. Галилей не сомневался в истинности Библии, но считал, что ее текст требует интерпретации и эти толкования должны подчиняться научной истине и открытиям. Интерпретации Библии должны были соответствовать точным сведениям, полученным в результате научного исследования действительности. Целью Галилея было примирение обеих дисциплин. Он отмечал, что его исследования дополняют теологические воззрения, но этим только вызвал гнев богословов.
Наконец, в 1615 году доминиканец Никколо Лорини (1544— 1617) обвинил Галилея в ереси. Он утверждал, что ученый противоречит Святому Писанию и осмеливается намекать, как в письме Кристине Лотарингской, что священный текст может подвергаться интерпретации.
У Галилея были и защитники, например кармелитанский монах Паоло Антонио Фоскарини (1565-1616), который в своей книге доказывал, что коперниканство не противоречит Библии. Но эта поддержка принесла только вред, так как книгу Фоскарини сочли еретической, а кардинал Беллармин в письме монаху приводил следующие аргументы в пользу обвинения:
Затем Беллармин осторожно добавил: