Благодаря генетическому анализу стало возможным восстановить семейную историю настоящих лошадей и частично датировать ее. Древние предки домашней лошади оформились в отдельный вид приблизительно 45 000 лет назад, отделившись от предков лошади Пржевальского, задолго до одомашнивания. Но, несмотря на это расхождение, между видами по-прежнему случались скрещивания и происходил взаимообмен генами, что четко отражено в современных геномах. Большая часть скрещиваний имела место давно, до пика последнего ледникового максимума 20 000 лет назад. После окончания ледникового периода время от времени гены лошади Пржевальского все еще «попадали» в геном предков домашней лошади, в том числе и после ее одомашнивания. Значительно позже, в начале XII века направление потока генов меняется: от домашней лошади к лошади Пржевальского. Этот последний случай «вливания» генов домашней лошади в геном лошади Пржевальского соответствует началу разведения и содержания в неволе лошадей Пржевальского.
У этих двух популяций лошадей поистине удивительная способность к межвидовому скрещиванию. Они значительно отличаются друг от друга – и морфологически, и генетически – и потому считаются двумя отдельными видами. Более того, у этих животных разное число хромосом, что часто рассматривается как непреодолимое препятствие для скрещивания. У домашних лошадей 64 хромосомы (32 пары), а у лошадей Пржевальского – 66 (33 пары). При формировании яйцеклеток и сперматозоидов у млекопитающих эти клетки получают половину набора хромосом, имеющегося в остальных клетках организма. При оплодотворении генетический материал яйцеклетки и сперматозоида объединяется, и снова создается полный набор хромосом. Каждая хромосома яйцеклетки должна образовать пару с соответствующей хромосомой сперматозоида, прежде чем оплодотворенная яйцеклетка сможет начать делиться и формировать эмбрион. При спаривании домашней лошади с лошадью Пржевальского в оплодотворенном яйце будет один набор из тридцати двух хромосом и один набор – из тридцати трех. Но каким-то образом (даже генетики до конца не понимают как) хромосомы все-таки находят себе пары, поскольку в противном случае рождение жизнеспособного потомства было бы невозможно. А следы скрещивания в геномах современных домашних лошадей и лошадей Пржевальского демонстрируют, что в результате такого спаривания не просто рождались жизнеспособные жеребята, но они были способны к производству потомства.
Несомненно, всем известны межвидовые гибриды лошадиных рода Equus. Например, лошак – гибрид жеребца и ослицы. А мул, наоборот, – кобылы и осла. Несмотря на то что и лошаки, и мулы обычно бесплодны, иногда они могут давать потомство. Это также довольно удивительно, если учесть, что у ослов тридцать одна пара хромосом, а у лошадей – тридцать две. Но в геномах различных видов лошадиных найдены следы и более невероятных случаев скрещивания: между сомалийским диким ослом (тридцать одна пара хромосом) и зеброй Греви (двадцать три пары хромосом). Подобные случаи ставят под сомнение сложившиеся научные взгляды на некоторые биологические процессы. Границы между видами, оказывается, гораздо более проницаемы, чем принято было считать до появления геномики. Получается, что даже различие в числе хромосом не может служить настоящим препятствием к успешному размножению, как полагали ученые.
Помимо поиска ответа на вопросы относительно межвидового скрещивания, генетика позволяет проследить изменение размеров древних популяций животных с течением времени. Популяции предка домашней лошади,