Создалась угроза в 50-х годах XVIII в. и для многочисленных алтайских племен, оказавших вооруженное сопротивление завоевателям. Одновременно они стали ходатайствовать перед российским правительством о принятии их в подданство. Присягу их принимали в укреплениях Южной Сибири и северо-восточного Казахстана[44].
Присоединение Южного Алтая к России было официально проведено 8 июня 1756 г.[45] В состав России вошли земли в верховья Иртыша и при впадении в него рек Ульба, Бухтарма, Нарын, а также верхнее течение рек Бия, Катунь, Чу, Чарыш, Чулышман и Телецкое озеро. Вхождение Южного Алтая в состав России отвечало политическим и экономическим интересам местных племен.
Наступление Цинской империи на северные районы Центральной Азии продолжалось. Под предлогом поимки Амурсаны цинские войска вошли в Казахстан, Казахское ополчение во главе с султаном Аблаем пыталось остановить их, но потерпело поражение[46]. Казахи, ойратские и алтайские беженцы стали сосредоточиваться у Сибирской линии. Русское правительство не имело здесь в этот момент достаточно вооруженных сил, чтобы препятствовать вторжению маньчжур в Казахстан. Но оно предприняло ряд мер. В Сибирь было направлено дополнительно несколько конных полков. 19 ноября 1756 г. русское правительство указом разрешило предоставить беженцам убежище в крепостях и за Сибирской линией. Но в связи с началом антицинского восстания в Монголии, поддержанного тувинцами, цинские войска были выведены из Казахстана[47].
В 1757 г. военные действия вновь разворачиваются на территории Джунгарии и захватывают пограничные районы Казахстана. В этот период идут переговоры султана Аблая с цинским правительством. Но вернуть исконные кочевья в Северной Джунгарии казахам и киргизам не удалось. Цинское правительство запретило использование этих земель и силой оттеснило кочевников от границ Джунгарии.
Разгром Джунгарии открыл цинам путь в Восточный Туркестан (Кашгарию). Попытки цинов утвердиться в Восточном Туркестане встретили в 1757 г. сопротивление уйгурского народа. Местные правители начали борьбу с завоевателями. В результате поражения они вынуждены были бежать в Среднюю Азию, что маньчжуры использовали как повод для вторжения своих войск через казахские и киргизские кочевья в Среднюю Азию. Но закрепиться здесь они не смогли[48].
На протяжении XVIII в. угроза со стороны Цинской империи оставалась для народов Казахстана и Средней Азии. Особенно сложным было положение народов киргизских племен, входивших в состав Кокандского ханства. Несмотря на то что Коканд занял твердую позицию по отношению к цинскому правительству, вопрос о маньчжуро-китайской экспансии в этот район не снимался. Сложная внутренняя и внешнеполитическая обстановка в Кокандском ханстве способствовала росту русской ориентации в среде киргизских племен.
В этот период экспансия маньчжурских войск в Среднюю Азию, Казахстан и Южную Сибирь облегчалась для завоевателей политической разобщенностью народов Центральной Азии, слабостью позиции России в этом районе, сложной международной обстановкой в Европе. Экспансия Китая вылилась лишь в эпизодические набеги в приграничные области. Россия сумела противостоять агрессии маньчжуро-китайских завоевателей и обеспечить защиту народам Казахстана и Южной Сибири, добровольно принявших российское подданство[49].
Сложное положение на границах Казахстана и Южной Сибири с Цинской империей заставляет российское правительство помимо мер дипломатического характера продолжать укрепление пограничного района. В 60–70-х годах XVIII в. генерал И. И. Шпрингер, командир сибирских войск, возвел на Алтае укрепленную цепь поселений, вошедших в состав Бийской линии, так как построенная С. В. Киндерманом Колывано-Кузнецкая линия не прикрывала Алтайских горных заводов[50].
17 октября 1760 г. по указу Сената были построены укрепления от Усть-Каменогорской крепости до Телецкого озера[51]. Здесь рекомендовалось разместить 2 тыс. крестьян и разночинцев Тобольской губернии, а также желающих из государственных крестьян Архангельской, Устюжской и Вятской губерний, находившихся на промыслах в Сибири.
В районе рек Бухтарма, Белая, Тихая и Нарын селились беглые солдаты, крестьяне, раскольники, спасавшиеся от рекрутской повинности и крепостного гнета. Они получили название «каменщиков». В годы неурожая они обратились за помощью к царскому правительству. В 1792 г. императорским указом они были прощены.
Укреплялись берега р. Иртыш от Усть-Каменогорской крепости до оз. Зайсан. Здесь в 1761 г. строились Бухтарминская крепость и Бухтарминская линия. В этот период по распоряжению И. И. Шпрингера была отрезана от казахской степи десятиверстная полоса вдоль р. Иртыш и Пресногорьковской линии и отдана в пользование сибирским казакам.
Тогда же усиленно заселялись Пресногорьковская, Иртышская и Колывано-Кузнецкая линии длиной в 2125 верст. Здесь в 98 укреплениях и поселках находилось 7578 человек регулярных и нерегулярных войск, в том числе 779 крепостных казаков.