По мере расширения Ордена, который, правда, по-прежнему представлял собой небольшие группы интеллигентов, разбросанных по разным странам Европы, выявились разногласия между крайними и умеренными его руководителями, к которым добавилось соперничество в борьбе за руководство. Баварские власти опасались, не является ли благосклонность австрийского императора Иосифа II к иллюминатам частью его плана присоединить Баварию, обменяв ее на расположенную вдалеке от его владений Бельгию (австрийские Нидерланды). В 1785 г. после доноса одного из членов Ордена курфюрст Карл Теодор запретил деятельность союза на баварской территории, трое иллюминатов предстали перед судом, но были приговорены лишь к высылке из страны. В 1786 г. при обыске в квартире одного из соратников Вейсхаупта, Франца Ксаверия Цвака, были конфискованы бумаги, которые разоблачали «иезуитскую» тактику иллюминатов. Материалы эти произвели сенсацию и бросили тень подозрения в подрывных действиях на все масонство. Попытки Вейсхаупта и его друзей защитить репутацию Ордена вызвали новые резкие и крайне преувеличенные обвинения в десятках памфлетов, опубликованных в разных странах. Таковы корни легенды об «иллюминатском заговоре». В самой Баварии начался настоящий поход против иллюминатов и всех, подозреваемых в сочувствии просветительским идеям. Иллюминатов изгоняли с государственной службы, некоторые из них были даже брошены за решетку. Утверждения, что Орден продолжал существовать и после 1785 г., не подтверждено никакими доказательствами. Когда во время Французской революции правительство Директории хотело использовать иллюминатов как свою опору в Южной Германии, не удалось обнаружить никаких следов этой организации. Некоторые бывшие иллюминаты, вроде Цвака, начали делать придворную и административную карьеру в разных германских государствах. Сам Вейсхаупт благополучно стал надворным советником в Саксен-Готском герцогстве.
Отдельные иллюминаты положительно оценивали Французскую революцию на ее первом либеральном этапе, но никто из них не примкнул к немецким якобинцам. Значительно большее число иллюминатов стало ярыми врагами революции. В полемике предреволюционных лет появились стимулированные разоблачением иллюминатов попытки видеть в европейском масонстве лишь следствие иезуитской интриги. Так, в 1788 г. Н. Бонвиль, близко знакомый с некоторыми иллюминатами, выпустил двухтомный труд, в котором доказывал, что масонство — иное название для Ордена иезуитов. На деле в канун революции во Франции, которая была покрыта сетью масонских лож, входила значительная часть либерального дворянства и духовенства, включая и представителей самых знатных родов, и передовых слоев буржуазии, равно далеких как от идеи о насильственном низвержении тронов и алтарей, так и мыслей о возвращении контроля церкви над всей общественной жизнью, о котором мечтали в Риме, особенно члены запрещенного Ордена иезуитов.
Большинство масонов встретило положительно Французскую революцию, среди выдающихся деятелей которой было немало членов различных лож. Но они примкнули к разным течениям в революционном лагере, вступили в борьбу между собой, и позиция, занятая бывшими масонами, была продиктована иными причинами, чем нахождение в прежние годы в рядах Ордена. По мере же углубления революции все большее число масонских братьев оказывалось в стане ее врагов, замирала и деятельность лож, почти совсем прекратившаяся ко времени установления якобинской диктатуры. Немало масонов кончило жизнь на гильотине в дни якобинского террора. В последующем же стрелка политического курса масонов разных направлений не отклонялась от позиции, которую занимали в данный момент руководители правившего политического режима — Директории, Консульства, Наполеоновской империи, Реставрации Бурбонов, Июльской монархии, Второй империи. В Англии масонство еще в XVIII веке превратилось в часть политической элиты. Напротив, в других странах Европы оно подвергалось гонениям как детище революции.