Как же осуществлялся поиск пропавшей подводной лодки? С прибытием первой партии тральщиков ТЩ-524, ТЩ-58 началось обследование металлическими и придонными тралами района, где 15 декабря ЦЛ-27 наблюдал силуэт подводной лодки.
Осмотр западного побережья острова Сахалин от Холмска на север до Томари и на юг проводили армейские части и пограничники.
Кроме этого до 20 декабря вели поиск эсминец «Верткий», спасатель «Золотой», подводные лодки С-119 и С-120.
21 декабря к ним присоединились три тральщика 29-й дивизии ОВР, два тральщика 113-й бригады ОВР.
К 22 декабря в район Холмска прибыл спасатель «Тетюхе», а 23 декабря – еще два тральщика 6–го ВМФ.
С воздуха в поиске С–117 участвовали два самолета ПУ-ба: один – из Советской Гавани, один – из Корсакова. К поиску были привлечены и местные рыбаки.
Из воспоминаний бывшего флагмеха 90-й бригады Даниила Фланцбаума:
«Командование флотом начало поиск С–117 надводными кораблями, направленными в район ее позиции. Никаких следов ее пребывания или катастрофы (масляные пятна, обломки) не было обнаружено. Были запрошены находящиеся в районе моря транспорты и рыболовные суда. Никто не сообщил о каких-либо контактах с лодкой. В то же время версия о возможном столкновении в условиях плохой видимости была весьма вероятной. С–117, всплывая по ночам для зарядки, очевидно, не включала ходовых огней для приближения условий к боевым. Учитывая, что рыболовные суда передвигаются в поисках рыбных косяков, вероятность вторжения какого-либо из них в район, закрытый на время учений для плавания, была вполне реальной. А масляные пятна, если произошло столкновение, за несколько суток при сильном ветре могло далеко разнести.
В поисковых работах использовались все средства, которыми в то время располагал флот. Однако прибора для обнаружения больших магнитных масс на грунте не было, мы даже пытались срочно его сконструировать на базе судоремонтной мастерской».
Учитывая возможность случайного тарана С-117 каким-либо гражданским судном, 18 декабря были даны указания командиру Южно-Сахалинской военно-морской базы, а 19 декабря передана просьба командованию 5-го ВМФ осмотреть все суда, прибывающие в порты из района Холмска и находившиеся в районе Холмска с 14 по 17 декабря.
Начиная с 19 декабря все суда, прибывающие из района Холмска в Корсаков, Владивосток и Находку, тщательно осматривались водолазами, команды опрашивались, а результаты осмотров и опросов сообщались в штаб 7-го ВМФ.
В течение 19–24 декабря пограничники осмотрели все западное побережье острова Сахалин от мыса Крильон до мыса Яблочный, а солдаты Дальневосточного округа – от мыса Кузнецова до города Чехова. Никаких предметов с подводной лодки С–117 не обнаружено.
Из воспоминаний капитана 1-го ранга А.В. Тисленкова:
«Когда все случилось, вспомнили, что и командир лодки Красников и командир бригады Прокофьев не хотели, чтобы С-117 участвовала в учениях. Они просили для нее оргпериод для восстановления боеготовности. Но начальник штаба флота контр-адмирал Рационов и слушать их не захотел. То, что С-117 пошла в море, вина только его. Однако ни в какие материалы расследований это не попало, ведь Радионов отдавал приказания устно… Все мы были потрясены известием о трагедии со «сто семнадцатой». В том, что с лодкой случилась именно трагедия, сомнений не оставалось. И в это время начальник политотдела капитан 1-го ранга Бабушкин ни с того ни с сего заявил во всеуслышание, что, по его мнению, наша лодка ушла в Америку, что весь экипаж С–117 оказался негодяями и изменниками. Почему он так сделал, я не понимаю. Может, хотел перестраховаться на всякий случай? Боялся возможных обвинений в свой адрес в потере бдительности? Но ведь всему же есть предел! Мы были очень возмущены его непорядочностью».
Вспоминает супруга бывшего начальника штаба 90-й бригады Зинаида Бодаревская:
«Командира лодки Васю Красникова и его супругу я хорошо помню и сейчас. Я была дома с детьми, когда вбегает соседка и кричит: «Наша лодка в море погибла!» Мы вместе сразу и разрыдались. Сколько наших знакомых ребят вот так же не возвращались с моря в войну, и вот теперь снова… Несколько дней все были как невменяемые, всюду крики, плач. В душе еще надеялись, что, может быть, произойдет чудо и они вернутся. Молились. Но все напрасно. Дни шли за днями, и с ними надежда таяла…»
Тем временем военно-морской министр Н.Г. Кузнецов вызвал в Москву для разбирательства по обстоятельствам гибели С–117 командующего 7-м флотом вице-адмирала Г.И. Холостякова, командира 90-й бригады капитана 1-го ранга Прокофьева, начальника управления кадров флота капитана 1-го ранга Дьячкова и начальника управления разведки флота капитана 1-го ранга Мельникова. Председателем комиссии по расследованию был назначен адмирал В.А. Андреев, который немедленно вылетел из Москвы на Дальний Восток.
А через несколько дней на зеленое сукно стола кремлевского кабинета Сталина лег документ следующего содержания: