«…Корпус погибшего броненосца, служивший 26 лет… находится в той степени исправности, которая представлялась достаточной для судна, несшего службу в артиллерийском отряде исключительно на Ревельском рейде и имевшего возможность совершить свой переход к месту назначения и обратно при самых лучших условиях погоды и притом в наибольшей части пути закрытыми шхерами; и что равным образом машина, котлы и водосливные средства на броненосце «Русалка» находились в исправном состоянии, которое само по себе, без содействия каких-либо побочных обстоятельств, не могло быть причиною гибели броненосца».
После предварительного расследования лично императором Александром III было велено назначить суд по делу «Русалки». В его состав вошли два военно-морских судьи, четыре временных члена в вице-адмиральских и контр-адмиральских чинах, в том числе начальник управления кораблестроения и старший морской флагман Балтийского флота. Председателем суда был определен опытнейший моряк вице-адмирал Пилкин 2-й. Обвинителем выступал младший флагман флота контр-адмирал Скрыдлов. Судебные заседания проходили в Кронштадте с 28 по 30 января 1894 года.
Старший судостроитель Глазырин, прекрасно знавший устройство и техническое состояние корабля, высказал на суде свое предположение, что при особенно сильном волнении причиной гибели «Русалки» могло стать попадание воды через люки в рубках, через закраины кожуха дымовой трубы и зазоры вращающихся орудийных башен. «Русалка» могла перевернуться, если из-за остановки машины ее развернуло бортом к волне. Сильный порыв ветра и мощный водяной вал могли положить броненосец на борт, вследствие чего он должен был зачерпнуть бортом большую массу воды. Это еще более уменьшало его поперечную остойчивость. С верхней палубы вода несколькими потоками через имевшиеся отверстия лилась вниз, и буквально нескольких минут было достаточно, чтобы при очередном крене она перелилась на подветренный борт и сместила центр тяжести корабля настолько, что он перевернулся и пошел ко дну.
Контр-адмирал Скрыдлов считал, что «Русалку» залило волнами в то время, как из-за неисправности машины или повреждения руля она потеряла управление. При этом Скрыдлов допускал, что броненосец мог удариться об один из многочисленных камней в шхерах, по инерции пройти вперед и затонуть на глубине.
Взрыв парового котла, как и взрыв боезапаса, эксперты отвергли, так как все найденные вещи с «Русалки» находились ранее на верхней палубе и были, вне всяких сомнений, смыты волнами. В случае же взрыва были бы найдены и вещи из внутренних помещений.
Отвечая на вопросы обвинителя, контр-адмирал Бурачек заявил, что причиной гибели броненосца стало то, что капитан 2-го ранга Иениш потерял ориентацию из-за тумана, закрывшего маяки, и поэтому вынужден был уменьшить ход, а это сразу же увеличило воздействие на корабль ветра и волн. Потеряв ориентацию, Иениш изменил курс, вследствие чего корабль наткнулся на подводный камень.
В итоговом заключении суда о причинах гибели броненосца береговой обороны «Русалка» значилось, что каждое из указанных выше обстоятельств могло послужить причиной гибели броненосца. К возможным причинам гибели, однако, не относили состояние корпуса, механизмов, котлов и водоотливных средств корабля, рассудив, что они находились в исправном состоянии.
30 января суд объявил предварительный приговор, а 14 февраля его окончательную редакцию:
«Контр-адмиралу Павлу Степановичу Бурачеку, 56 лет от роду, за недостаточную осторожность в выборе погоды для отправления броненосца «Русалка» и лодки «Туча» в море, противозаконное бездействие власти и слабый надзор за подчиненными объявить выговор в приказе, а командира лодки «Туча», капитана 2-го ранга Николая Михайловича Лушкова, 39 лет от роду, за неисполнение приказаний начальника по небрежности и за противозаконное бездействие власти отрешить от должности…»
28 февраля 1894 года приговор утвердил Александр III.
7 сентября 1902 года в девятую годовщину гибели броненосца «Русалка» в Ревеле на берегу моря в парке Кадриорг ему был открыт памятник. Автором его стал известный скульптор Амандус Генрих Адамсон. Инициатором создания памятника выступил начальник Ревельского порта контр-адмирал Павел Вульф.
Столичный журнал «Нива» так описывал церемонию открытия памятника: