Алексей Степанович умер от холеры, вдали от близких, в своём рязанском имении, 23 сентября 1860 года. Славянофильскую философию преследовал злой рок. Когда Иван Киреевский приступил к систематизации славянофильской философии, он внезапно умер от холеры. Та же участь постигла и Хомякова, когда он решил продолжить дело Киреевского и приступил к систематической философской работе. Последние минуты жизни А. С. – замечательное свидетельство силы его характера и твёрдости его веры. Осталась записка соседа по имению, Леонида Матвеевича Муромцева, о последних минутах Хомякова. Когда Муромцев вошёл к Хомякову и спросил, что с ним, А. С. ответил: «Да ничего особенного, приходится умирать. Очень плохо. Странная вещь! Сколько я народу вылечил, а себя вылечить не могу». По словам Муромцева, «в этом голосе не было и тени сожаления или страха, но глубокое убеждение, что нет исхода». «Лишним считаю пересчитывать, – вспоминает Муромцев, – сколько десятков раз я его умолял принять моего лекарства, послал за доктором, и, следовательно, сколько раз он отвечал отрицательно и при этом сам вынимал из походной гомеопатической аптечки то
Последние годы жизни, после смерти любимой жены, А. С. был безрадостен, он целиком отдался работе. Прелесть жизни была для него утрачена. Но в прошлом он знал радость жизни, знал личное и семейное счастье, как мало кто, жизнь его была удачной во всех отношениях. Он принадлежал к сынам, а не пасынкам Божьим. В нём не было никакой подпольности, никакого уязвлённого самолюбия и озлобленности. Дух его был сильный и ясный, пленительно ясный. По воспоминаниям западников, представляется он прежде всего спорщиком, диалектиком, вечно смеющимся и шутящим, но глубина его, его святое святых, не раскрывается. И мало кто понимал необыкновенную эстетическую законченность этого человека. Хомяков не был эстетом, но образ его должен быть воспринят прежде всего эстетически.