В августе 1948 г. в разгар каникул, экспедиций и отпусков внезапно начался очередной политический процесс — лысенковцы «судили» генетику и генетиков на своей сессии ВАСХНИЛ. Подготовка прошла в лучших традициях большевизма — втайне от генетиков, все роли были заранее расписаны. Чудом попав в зал заседаний, Иосиф Абрамович оказался самым смелым и последовательным защитником науки от клеветы шарлатанов. Узнав, что Лысенко поддержан Сталиным, немногие оппоненты покаялись. Идти против «воли партии» на политическом процессе было пострашней, чем при артобстреле. Рапопорт, достойный ученик Кольцова, не отрекся от истины. Напротив, как отмечено в стенограмме, «отпускал оскорбительные реплики, допускал выкрики», до последнего защищая генетику: «Она является лучшей теорией, чем ваша. Обскуранты!»
Началась очередная охота «на волков». Повсюду — в вузах, в академиях и на опытных станциях — выявляли и истребляли генетику. Зная, что Рапопорта не запугаешь, его уговаривали (!) покаяться, давили на партийный долг. Он потерял партбилет, получив взамен «волчий». Но «смелого пуля боится» — Иосиф Абрамович спас честь и выжил.
Изгнанный без права поступления на работу, доктор наук Рапопорт пытался устроиться в метро, зачислялся на временную работу в геологические партии, под чужой фамилией делал переводы для Института научной информации.
После смерти Сталина в 1953 г. пали многие кумиры. Лысенко — остался. В 1956 г. Нобелевская премия впервые была присуждена советскому гражданину. Им стал академик Николай Семенов. При вручении премии в Стокгольме разделивший с ним награду Хиншелвуд (нет пророка в своем отечестве!) рассказал Семенову о классических работах Рапопорта, известных загранице. Вернувшись домой, Николай Николаевич отыскал его. Начался долгий путь возвращения Иосифа Абрамовича к любимой работе в стенах Института химфизики АН СССР. Путь нелегкий, осложняемый на каждой ступени «компетентными органами». И вот после 12-летнего перерыва увидела свет новая работа Рапопорта — «Мутационное действие 1,4-бисдиазо-ацетилбутана».