В 1947 году он пережил аварию, имевшую решающие последствия для его дальнейшей жизни. Эриксон упал с велосипеда, получив глубокую рану, которая к тому же была сильно загрязнена землей. Появилась опасность столбняка, против которого он не был привит. Он знал что его организм аллергически реагирует на прививку. Несколько дней он решал послушать ли совета его коллег врачей и несмотря на все воспользоваться противостолбнячной сывороткой. В конце концов он рискнул, но это решение привело к тяжёлым последствиям: семь дней спустя наступил анафилактический шок. Много раз ему вводили адреналин. Существовала опасность, что он не переживет аллергической реакции.
Следующие 15 месяцев он страдал от болей в конечностях и мышцах, часто у него возникали неожиданные ухудшения состояния. Кроме того, у него развилась аллергия к цветочной пыльце. Много раз в серьёзном состоянии его доставляли в больницу. Аллергия, в конце концов, заставила его переехать, чтобы сменить климат. Эриксон решил переехать с семьей в Феникс в Аризоне. Сухой, пустынный климат этого региона давал надежду на уменьшение симптомов аллергии.
В июле 1948 года семья Эриксона поселилась в Фениксе. После года работы в Аризона Стейт Хоспитал, Эриксон открыл там частный кабинет. Уже тогда он мог применять свой широкий опыт к пациентам. Во время работы в Уорчестер Стейт Хоспитал, он сам формировал свои индивидуальные навыки интенсивной работы, таким образом, привыкая к проведению старательных психологических исследований пациентов, не имея предварительной информации об их общественном положении и истории жизни. Из приобретенных таким образом данных, он пытался реконструировать условия их жизни, и в конце сравнивал свои гипотезы с материалами актов. Тот же метод он применял и в обратном направлении - на основе актов пытаясь антиципировать результаты психологического диагноза, таким образом все лучше привыкая давать точное описание пациента на основе минимальных данных
Из-за состояния здоровья, ему приходилось вести приём пациентов у себя дома. Наряду с аллергией к цветочной пыльце, у него развилась аллергия к пыли и некоторым продуктам питания. Постоянно наступали тяжелые, иногда продолжавшиеся несколько дней, приступы болезни, требовавшие пребывания в больнице. Из-за этого важно было создать, соответственно оборудованную среду.
В 1953 году Эриксон снова тяжело заболел. По совету друга, он выехал в Мериленд. Он должен был пройти точные тесты в Джонс Хопкинс Хоспитал. Однако лишь несколько месяцев спустя, неврологу удалось поставить верный диагноз: Эриксон вновь заболел полиомиелитом. Возвращение инфекции этого типа необычно и случается весьма редко, однако возрастающая потеря мышечной массы Эриксоном, убедила врачей в этой ужасной гипотезе.
До последних дней жизни, Эриксон страдал от приступов этой болезни. Его семья все более ограничивала свою жизнь. Вначале, после каждого приступа болезни Эриксону удавалось продолжить писательскую деятельность и вести лекции. В 1957 году он основал Американское Общество Клинического Гипноза и стал его первым председателем. Он также инициировал возникновение журнала "The American Jornal of Clinical Hypnosis" и сам издавал его первые 10 лет.
Контакт Эриксона с группой Пало Альто состоялся уже в начале сороковых годов. Тогда Грегори Бейтсон и Маргарет Мид встретились с ним, чтобы проговорить об отснятом материале о людях, танцующих в трансе, который они привезли с Бали[278]. В 1952 году Эриксон принимал участие в Мейси Конференсиз он Кибернетик. Там совместно с Грегори Бейтсоном, Маргаред Мид, психоаналитиком Лоуренсом Кьюби и другими, он принимал участие в дискуссии о значении кибернетики для психотерапии[279].
Джей Хейли впервые услышал о Эриксоне в 1963 году, когда они совместно с Джоном Уиклендом начали работу у Бейтсона, в рамках исследовательского проекта в Ветеран Администрейшен Хоспитал в Пало Альто. Когда Хейли узнал, что некто по имени Милтон Эриксон ведет в Сан Франциско курсы по гипнозу, он захотел обязательно в них участвовать. К его удивлению оказалось, что Бейтсон знал Эриксона и мог помочь попасть на эти курсы. Эриксон очаровал Хейли. В дальнейшие годы Хейли и Уикленд часто посещали его, чтобы учиться у него и искать указания к своему исследовательскому проекту. Время от времени, в этих разговорах также принимал участие Бейтсон[280]. Вызвавшая сенсацию книга Uncommon Therapy (Необыкновенная терапия) сделала Эриксона известным, спровоцировав применение его методов во множестве клиник[281].