Весной 1887 г. на почве сильных переживаний у него возникло кратковременное умственное помешательство. В состоянии душевной депрессии Аренского поместили в психиатрическую больницу Казани, а позднее – в Петербурге, рядом с родным домом (вероятно, это больница Святого Николая Чудотворца для душевнобольных на Пряжке). Летом 1887 г. у больного наметились признаки выздоровления. Кризис миновал, и композитор снова вернулся к сочинению музыки. В декабре 1887 г., после почти двухлетнего перерыва, Аренский продолжил преподавание в Московской консерватории. Летом 1887 г. у него родился сын Павел, а через полтора года – дочь Надежда. В это время он завершил работу над большой оперой «Сон на Волге» по сюжету А.Н. Островского. Премьера оперы состоялась в Московском Большом театре. Критики приняли ее довольно тепло. В это время Аренский получил звание профессора Консерватории по специальным теоретическим дисциплинам и классу свободного сочинения. Из учеников Аренского получили известность С.В. Рахманинов, Г.Э. Конюс, А.Н. Корещенко, Р.М. Глиэр и А.Н. Скрябин.
Смерть отца и пошатнувшееся здоровье любимой матери заставили Аренского вернуться в Петербург. Он начал хлопотать о месте директора Певческой капеллы в родном городе. В апреле 1895 г. Аренский Высочайше утвержден в должности директора Капеллы и с мая приступил к исполнению служебных обязанностей. Вместе с прибывшей из Москвы семьей Аренский вскоре поселился на казенной квартире при Капелле (наб. реки Мойки, 20). Аренский мало где бывал, довольствовался ограниченным кругом знакомых. Болезни вынуждали его подолгу находиться на курортах, что отрицательно сказывалось на деятельности Капеллы. Аренский продолжал писать музыку – романсы, этюды и фантазии. На празднествах 1899 г. по случаю 100-летнего юбилея со дня рождения А.С. Пушкина впервые прозвучала музыка Аренского к поэме «Бахчисарайский фонтан». А к 100-летию памяти великого полководца А.В. Суворова, который скончался 6 мая 1800 г. в Большой Коломне, Аренский написал «Гимн Суворову» для соло и хора, на слова К. Случевского. За время управления Капеллой композитор создал ряд духовных сочинений для детских, чистых голосов.
В 1900 г. Аренский совершил с Капеллой концертную поездку в Лейпциг. В этом же году он написал музыку к балету «Египетские ночи» по новелле Теофиля Готье «Ночь Клеопатры». Кстати, это последний балет, который ставил балетмейстер Лев Иванов, также житель Большой Коломны. После смерти Аренского и Иванова балет поставлен М.М. Фокиным 8 марта 1908 года в Мариинском театре. Позднее этот балет под названием «Клеопатра» был представлен С.П. Дягилевым в Париже на знаменитых «Русских сезонах».
По истечении шести лет Аренский оставил Придворную певческую капеллу в 1901 г. и вышел в отставку в возрасте 40 лет. Его пенсия как бывшего придворного служащего составляла около 6000 руб. в год и обеспечивала ему безбедное существование.
Теперь Аренский стал больше заниматься творчеством, участились его гастрольные поездки. Однако летом 1903 г. вдруг резко ухудшилось его здоровье – случайная простуда и затем воспаление легких обострили хронический туберкулезный процесс. По совету видных врачей осенью 1903 г. Аренский отправился в далекую и теплую Ниццу. Но в декабре 1904 г., будучи в Ницце, Аренский сильно простудился. Последовала быстрая вспышка чахотки, сильнее прежнего, с кровотечениями и обмороками. Аренский на долгие месяцы был прикован к постели. Летом 1905 г. его состояние стало почти безнадежным. Тогда родные перевезли Аренского из Ниццы и поместили в туберкулезный санаторий «Питка-Ярви» близ финляндской станции Териоки (ныне – Зеленогорск). Здесь его встретили строжайший режим, унылая больничная койка и безрадостное общество обреченных людей. Композитор с трудом продолжал работу над шекспировской «Бурей». Из Москвы от режиссера А.П. Ленского пришла поздравительная телеграмма о шумном успехе постановки шекспировской «Бури» с музыкой Аренского. Это был последний триумф композитора.
Вечером 12 февраля 1906 г. Аренский скончался от чахотки на руках у жены. Он не дожил несколько месяцев до своего 45-летия. Похоронен Аренский рядом с могилой его кумира – Петра Ильича Чайковского. Памятник над могилой Аренского выполнен скульптором Марией Диллон в 1908–1910 гг. Большой барельеф изображает сочиняющего композитора, сидящего за роялем, и над ним витают музы.
Дом № 60/9. Доходный дом (1882 г., инженер-арх. А.И. Климов; левая часть).
Дом № 62/10. Доходный дом (1838 г., арх. А.И. Лапин).
Витебская улица