Немалую роль в отставании работ по ЛК-1 от графика сыграло то, что у ОКБ-52 еще не было опыта создания пилотируемых космических аппаратов “в металле”, да еще и в жестко оговоренные сроки. ОКБ-52 остро не хватало человеческих и финансовых ресурсов, производственных площадей. Существенное влияние на торможение процесса разработки оказывали и работы по испытаниям и доводке ракеты-носителя УР500К “Протон”. К концу 1965 года сложилась ситуация, когда ракета-носитель для пилотируемого полета вокруг Луны у В.Н.Челомея уже была, а собственно полезной нагрузки для осуществления такой экспедиции еще не было. Поэтому советское руководство и решило “помочь” ОКБ-52: УР500К оставили на доработку фирме Челомея, а вместо полезной нагрузки решили использовать в несколько измененном виде космический корабль, который разрабатывался в ОКБ-1 С.П.Королева.
Была и вторая зримая причина для закрытия проекта. К концу 1965 года становилось уже совершенно ясно, что само возникновение программы пилотируемого облета Луны в ОКБ-52 фактически без увязки с другими проектами исследования естественного спутника Земли было ошибкой, которая превратила эту программу в тупиковую ветвь развития советской космонавтики. Действительно, если США готовились к пилотируемому облету Луны в рамках одной программы “Аполлон”, и выполнение этой задачи было всего лишь одним из этапов на пути реализации программы высадки человека на Луну в целом, то в СССР зачем-то выделили проект ЛК-1 в отдельную программу, одновременно продолжая работы по высадке советских космонавтов на лунную поверхность в рамках других программ, разрабатываемых и собственно ОКБ-52, и другими конструкторскими бюро. Что же касается корабля ЛК-1, то он мог быть использован только для одной цели – для облета Луны и только по пролетной траектории, без выхода его на орбиту вокруг естественного спутника Земли. Это означало, что даже если бы ставилась задача создания окололунной космической базы - реально в те годы никто эту задачу не ставил, - ЛК-1 не смог бы выполнять без существенной доработки даже роль транспортного корабля на маршруте Земля - окололунная орбита - Земля: на нем не было ни стыковочного узла, ни оборудования для сближения с окололунной станцией, ни двигателей для такого сближения. ЛК-1 был всего лишь двухместным космическим аппаратом для облета Луны по петлеобразной траектории. В.Н.Челомей и его сотрудники, задумывая проект ЛК-1, фактически повторили ошибку С.П.Королева в проекте “Л”.