Очень сильно сказалась на выполнении лунной программы и внезапная смерть в январе 1966 года С.П.Королева. При Королеве советская космонавтика двигалась своим оригинальным путем, конструкторы находили нетрадиционные и смелые решения. Но “сверху” - из ЦК КПСС и Совета Министров СССР - шло постоянное давление. После ухода из жизни Сергея Королева, во второй половине 60-х идеологическое давление “верхов” на “низы” еще более усилилось, часто спускались указания отправить космический корабль или ракету в полет к очередному государственному празднику. Так первый старт Н-1 в правительственном графике работ был запланирован на третий квартал 1967 года не случайно - близилось 50-летие Октября, требовалось подтвердить “твердую поступь первого в мире социалистического государства” очередной победой в космосе. Конечно, такого рода указания существенно мешали проведению работ, лихорадили и производство, и трудовые коллективы.
Кроме того, уже на этапе проектирования советская лунная программа Л3 уступала американскому “Аполлону” по всем параметрам: если у американцев на Луну высаживалось сразу два астронавта, то советский космонавт совершал посадку в одиночестве. Советская космическая техника самими ее создателями считалась настолько ненадежной, что перед посадкой пилотируемого лунного корабля с космонавтом в районе высадки должны были сесть и быть наготове запасной беспилотный лунный корабль и автоматический “Луноход” для перевозки космонавта к запасному кораблю в случае аварии основного лунного корабля. При падении на спину космонавт, одетый в советский лунный скафандр “Кречет” не мог подняться самостоятельно. Поэтому скафандр был оборудован специальным обручем для перекатывания упавшего космонавта со спины на живот.
Сказывалось и недостаточное финансирование лунного проекта. Если США затратили на программу “Аполлон” более 25 миллиардов долларов, то Советский Союз за все годы работ “расщедрился” на собственную пилотируемую лунную программу суммой около 4,5 миллиардов рублей.