В первой декаде мая 1967 года генерал Каманин распорядился отработать три программы подготовки экипажей только для космических кораблей "Союз". Первая программа - для поднятия уровня подготовки космонавтов Андрияна Николаева, Валерия Быковского, Евгения Хрунова, Алексея Елисеева, Виктора Горбатко и Валерия Кубасова, которые должны были лететь на "Союзе-2", - была рассчитана на 30 суток. Вторая и третья программы рассчитывались на два месяца и имели целью завершение подготовки экипажа в составе Георгия Берегового, Владимира Шаталова, Петра Колодина, Владислава Волкова и ускоренную подготовку командирами кораблей "Союз" Бориса Волынова и Георгия Шонина.
23 мая 1967 года в экипажи для полетов на "Союзах" были введены новые космонавты на замену выбывшим - погибшему Владимиру Комарову и отстраненному от полетов Юрию Гагарину, которого было решено "поберечь и больше в космос не пускать".
Учитывая испытательский опыт Георгия Берегового, он из третьего экипажа был переведен в первый. Окончательный состав экипажей для полета на "Союзах" теперь выглядел так:
1. Основной экипаж: Георгий Береговой, Валерий Быковский, Евгений Хрунов, Алексей Елисеев.
2. Дублирующий экипаж: Борис Волынов, Андриян Николаев, Виктор Горбатко, Валерий Кубасов.
3. Резервный экипаж: Георгий Шонин, Владимир Шаталов, Петр Колодин, Владислав Волков.
Практическая подготовка к новому космическому полету началась в июне 1967 года. Но уже с осени и до января 1968 года Валерий Быковский, Евгений Хрунов, Борис Волынов, Андриян Николаев, Виктор Горбатко и Георгий Шонин сдавали последнюю экзаменационную сессию и защищали дипломные работы в академии имени Н.Е.Жуковского. На весь этот период подготовка экипажей была приостановлена.
21 октября 1967 года главный конструктор корабля 7К-ОК ("Союз") В.П.Мишин заявил, что на следующем корабле полетит только Константин Феоктистов, а Георгия Берегового он и близко не подпустит к кораблю. Феоктистов работал в конструкторском бюро, которое после смерти Сергея Павловича Королева возглавил Мишин, и Василий Павлович хотел видеть командиром следующего "Союза" только своего сотрудника.
В феврале 1968 года экипажи "Союзов" вновь начали подготовку к полету, но уже в других составах. Валерий Быковский был окончательно переведен на программу облета Луны на корабле "Л-1". Теперь в первом экипаже стали готовиться Г.Береговой, Б.Волынов, Е.Хрунов и А.Елисеев; во втором - Г.Шонин, А.Николаев, В.Горбатко и В.Кубасов; в третьем - В.Шаталов, А.Филипченко, П.Колодин и В.Волков.
Если в 1966-начале 1967 года многие руководители советской космической программы действовали зачастую авантюристически и принимали далеко не самые разумные решения, то теперь, после гибели Владимира Комарова, стали излишне осторожничать и перестраховываться. Даже уже на относительно надежной и отработанной технике космонавтов теперь все же опасались посылать в космос.
30 октября 1967 года впервые в истории космонавтики на орбите была выполнена автоматическая стыковка искусственных спутников Земли "Космос-186" и "Космос-188". 15 апреля 1968 года этот эксперимент был успешно повторен искусственными спутниками "Космос-212" и "Космос-213". Таким образом, сложнейшая научно-техническая задача по стыковке на околоземной орбите двух космических аппаратов оказалась решенной.
28 августа 1968 года был запущен еще один космический корабль 7К-ОК "Союз" под названием "Космос-238", успешно выполнивший всю программу испытаний на орбите и благополучно вернувшийся на Землю. После этого государственная комиссия приняла решение о подготовке нового пилотируемого полета. В новом полете предполагалось сделать то, что не удалось сделать в апреле 1967 года - осуществить стыковку двух космических кораблей, что позволило бы начать подготовку к запуску долговременных орбитальных станций.
Еще 6 февраля 1968 года В.П.Мишин и Н.П.Каманин договорились о назначении экипажей для осуществления стыковки двух космических кораблей "Союз". Общая задача на предстоящий полет формулировалась следующим образом:
- сначала на космическом корабле с активным стыковочным узлом (активном корабле) "Союз-2" стартует один космонавт;
- ровно через сутки на космическом корабле с пассивным стыковочным узлом (пассивном корабле) "Союз-3" в космос отправляются еще три космонавта;
- на следующий день производится стыковка двух кораблей, причем на завершающем этапе она проходит вручную, т.е. управляет космическими кораблями не автоматика, а сами космонавты;
- после стыковки два космонавта в скафандрах переходят через открытый космос из пассивного корабля в активный;
- после завершения перехода космические корабли расстыковываются;
- в автономном полете оба корабля находятся еще двое - трое суток;
- с интервалом в одни сутки производится посадка космических кораблей: сначала приземляется активный космический корабль с тремя космонавтами на борту, а на следующий день на Землю возвращается пассивный корабль с одним космонавтом.