Немалую роль в отставании работ по ЛК-1 от графика сыграло то, что у ОКБ-52 еще не было опыта создания пилотируемых космических аппаратов "в металле", да еще и в жестко оговоренные сроки. ОКБ-52 остро не хватало человеческих и финансовых ресурсов, производственных площадей. Существенное влияние на торможение процесса разработки оказывали и работы по испытаниям и доводке ракеты-носителя УР500К "Протон". К концу 1965 года сложилась ситуация, когда ракета-носитель для пилотируемого полета вокруг Луны у В.Н.Челомея уже была, а собственно полезной нагрузки для осуществления такой экспедиции еще не было. Поэтому советское руководство и решило "помочь" ОКБ-52: УР500К оставили на доработку фирме Челомея, а вместо полезной нагрузки решили использовать в несколько измененном виде космический корабль, который разрабатывался в ОКБ-1 С.П.Королева.
Была и вторая зримая причина для закрытия проекта. К концу 1965 года становилось уже совершенно ясно, что само возникновение программы пилотируемого облета Луны в ОКБ-52 фактически без увязки с другими проектами исследования естественного спутника Земли было ошибкой, которая превратила эту программу в тупиковую ветвь развития советской космонавтики. Действительно, если США готовились к пилотируемому облету Луны в рамках одной программы "Аполлон", и выполнение этой задачи было всего лишь одним из этапов на пути реализации программы высадки человека на Луну в целом, то в СССР зачем-то выделили проект ЛК-1 в отдельную программу, одновременно продолжая работы по высадке советских космонавтов на лунную поверхность в рамках других программ, разрабатываемых и собственно ОКБ-52, и другими конструкторскими бюро. Что же касается корабля ЛК-1, то он мог быть использован только для одной цели - для облета Луны и только по пролетной траектории, без выхода его на орбиту вокруг естественного спутника Земли. Это означало, что даже если бы ставилась задача создания окололунной космической базы - реально в те годы никто эту задачу не ставил, - ЛК-1 не смог бы выполнять без существенной доработки даже роль транспортного корабля на маршруте Земля - окололунная орбита - Земля: на нем не было ни стыковочного узла, ни оборудования для сближения с окололунной станцией, ни двигателей для такого сближения. ЛК-1 был всего лишь двухместным космическим аппаратом для облета Луны по петлеобразной траектории. В.Н.Челомей и его сотрудники, задумывая проект ЛК-1, фактически повторили ошибку С.П.Королева в проекте "Л".
Кроме того, была слабо продумана и программа использования корабля ЛК-1 в рамках самого проекта облета Луны. Как уже отмечалось выше, предполагалось изготовить не менее 12 кораблей этого типа. 2-3 из них требовались для проведения различных наземных испытаний и отработки технологии подготовки к полету, еще 2 или 3 должны были участвовать в околоземных испытательных полетах. Для пилотируемого облета Луны по петлеобразной траектории оставалось 6-8 кораблей ЛК-1. Но обоснованной научной программы для экспедиции вокруг Луны без выхода на орбиту ее спутника не было. Решить же задачи фотографирования Луны с пролетной орбиты вполне могли бы и автоматические станции (что, кстати, и было несколькими годами позже сделано в рамках выполнения программ "Зонд" и "Луна"). Значит, и с этой точки зрения программа ЛК-1 являлась тупиковой и малоперспективной.
Свое недовольство осуществлением лунной программы начало проявлять и Министерство обороны СССР в лице маршала Малиновского. Генерал Николай Каманин отмечал:
"2 февраля (1965 года - С.Ч.)
Вечером я доложил Главкому о намечаемых нами мерах по улучшению планирования работы космонавтов. Вершинин согласился с нами, но предупредил: "Не нажимайте на Луну". Он сказал, что на последнем заседании коллегии МО маршал Малиновский заявил буквально следующее: "Мы не можем и не будем заниматься сверхмощными космическими носителями и полетами на Луну, пускай этими делами занимается Академия наук..." Я ответил Вершинину, что это высказывание Малиновского не ново и что оно характерно для его позиции в космических делах, но нам, тем не менее, необходимо резко активизировать участие организаций ВВС в освоении Луны. Вершинин при мне переговорил по телефону с маршалом Крыловым, они договорились вместе защищать перед Малиновским необходимость наращивать усилия военных в космосе. Вершинин и Крылов поручили мне подготовить от их имени письмо министру с обоснованием активизации космической деятельности МО" [9.10].
Итак, после смещения в октябре 1964 года Н.С.Хрущева с поста Первого секретаря ЦК КПСС и Председателя Совета Министров СССР все работы по пилотируемой лунной программе в части создания космических кораблей вновь перешли в руководимое С.П.Королевым конструкторское бюро.
Летом 1965 года многим становится уже ясным, что США догоняют СССР в гонке космических амбиций. Генерал Николай Каманин констатирует:
"27 августа (1965 года - С.Ч.)