Вполне очевидно, что академия должна была идти впереди армии по внедрению новых, актуальных методов и форм ее подготовки в мирное время, одной из которых являлась военная игра. По словам участника Первой мировой войны генерал-лейтенанта М. А. Соковнина, «военная игра – это частичная репетиция экзамена, который держат в военное время, и провал, который влечет за собой бесцельную гибель сотен и тысяч жизней, а также невозвратимые материальные потери и позор для государства. Чем больше будет этих репетиций, тем меньше будет недочетов в стратегическо-тактической подготовке офицерского состава армии».
Выпускники академии с горечью вспоминали, что военная игра, уже вошедшая в жизнь армии, в академии так и не была востребована. «Метода проведения военных игр, метода свободного творчества в них академия не раскрыла своим адептам». По их воспоминаниям, учебный процесс в академии включал очень много второстепенного теоретического материала, который требовалось запоминать, что засоряло память. «…В академический период нашей жизни масса молодых сил тратилась непроизводительно на изучение обширных курсов геодезии, астрономии, статистики и администрации…» Академия не являлась проводником новых актуальных методов подготовки армии в мирное время, большим пробелом в подготовке была полная неосведомленность о современной военной технике. Курс артиллерии не касался ее боевого применения, а было лишь поверхностное ознакомление с материальной частью. «…О силе и могуществе артиллерийского огня никто не дал нам наглядного представления. Поэтому когда японцы (во время Русско-японской войны 1904–1905 гг. –
Слушателей академии не знакомили с боевыми качествами солдат и офицеров вероятного противника и союзников, что, конечно же, слабо учитывалось при планировании операций во время ведения боевых действий.
По воспоминаниям выпускников, «…одного мы только не касались – человеческого материала. Что собой представляли немецкие солдаты, австрийские унтер-офицеры, французские офицеры – мы понятия не имели». Подобное положение в отношении своего противника было в русской армии перед Маньчжурской кампанией (1904–1905 гг.). Презрительное отношение к противнику, которых называли «макаками», обернулось горьким поражением в этой войне.
Необходимые практические навыки для службы у офицера Генерального штаба были малы. Практика была недостаточна, а навыки, полученные на отдельных практических занятиях, занимавших продолжительное время, в последующем в служебной деятельности никогда не применялись. «…Мы были выпущены в жизнь больше теоретиками, чем практиками».
По словам бывшего слушателя академии, «…офицеру Генерального штаба в его службе никогда не приходиться производить инструментальной съемки, редко – полуинструментальную, часто глазомерную и почти всегда делать беглые полевые кроки. Вспомнить страшно, сколько времени и сил было затрачено в академии на изучение астрономии и геодезии, на штриховку и отделывание планов и как мало было необходимой жизненной работы по рекогносцировкам позиций и местных предметов и вообще разрешений задач в поле».
Одним из главных недостатков учебного процесса, характерным также и для военных училищ, было отсутствие понятия о «цели боя». Это приводило к убеждению всего офицерского состава, что действовать в бою (в сражении) необходимо «по обращению неприятеля», т. е. угадать желание противника и противодействовать ему. Другими словами, в российских военно-учебных заведениях учили за основу принятия решения брать вероятный характер действий противника, что было заложено в довоенный (до 1914 г.) Полевой устав («Обдумывая план своих действий, начальник должен всегда сначала решить задачу за неприятеля»). Это положение являлось выхваченной из общего контекста мыслью фельдмаршала Мольтке (Старшего) о способе оценки противодействия противника и попало в российские военные нормативные документы как способ принятия решения. Таким образом, логичный способ принятия решения изменялся ровно наоборот (должен быть «угадан» вероятный характер действий противника и под это вносились поправки в свои действия, исходя из наличия своих сил и возможностей и характера местности). Подобное ведение боевых действий лишало наши войска инициативы, заставляя лишь реагировать на действия противника.
Еще одним существенным недостатком была установка на то, чтобы стараться всегда оставлять при себе возможно больший резерв до конца боя, так как считалось, что при резерве начальник не побежден (во главе заботы военачальников российской армии очень часто стоял страх быть побежденным).