В юрском периоде стадия деструкции Гондваны вступила в свою активную фазу. Вдоль швов-расколов происходило излияние базальтовых лав. Лавы буквально затопили эти линейные зоны раскола. В ряде мест (флексура Лемомбо по течению Замбези) толщина лавовых покровов достигла 8 км. В тот же период Гондвана разделилась на две части: одна — Южная Америка, Африка, Индия, другая — Антарктида и Австралия. Между ними образовалась система межконтинентальных рифтовых морей, где должны были бы создаваться благоприятные условия для образования нефти и газа. До настоящего времени отложения юры, которые установлены под водами океана по окраине Антарктиды не изучены бурением, хотя их нефтегазоносный потенциал сравнительно высок.
Большим изменениям подверглась Гондвана в меловой период. Уже в первой половине мела она распалась на фрагменты, которые впоследствии стали хорошо известными материками. Снизилась вулканическая деятельность, что указывает на завершение стадии начальной деструкции. Гондвана вступила в новую, рифтогенную стадию своего развития. Система внутриконтинентальных рифтов трансформировалась в систему межконтинентальных рифтовых морей, которые и отделили Южную Америку от Африки, лишь в районе современного Гвинейского залива существовала структурная перемычка, соединившая эти материки. О ходе геологических событий можно судить по накоплению осадочных пород. Если рассмотреть разрезы осадочного чехла, выполнявшего в меловое время узкие межконтинентальные моря между Южной Америкой и Африкой, а сейчас слагающего континентальные окраины этих материков, то увидим следующую последовательность отложений.
В основании чехла лежат красноцветные породы неокомского возраста, иногда с прослоями каменного угля. Характер осадков указывает на их континентальное происхождение, они накапливались во внутриконтинентальных рифтах. Далее вверх по разрезу залегают соленосные отложения антского возраста, которые маркируют начало образования межконтинентальных морских рифтов, так как формирование каменной соли связывают обычно с выходом из недр термальных рассолов, напоминающих горячие ключи на дне современного Красного моря. На соленосном комплексе располагаются темные глины и известняки альбского возраста с содержанием органики до 10 %. Считается, что в то время эмбрион Атлантического океана имел эстуариевую циркуляцию. В засолоненных и плохо промываемых бассейнах кислород должен был полностью израсходоваться на окисление органики. Поэтому придонная геохимическая обстановка носила восстановительный характер, не исключено и сероводородное заражение донных осадков. При таких обстоятельствах, как считают ученые, сохранение органического вещества должно было быть идеальным [Зейболд, Бергер, 1984]. Накапливалась органика в условиях высокой прогретости недр, что, несомненно, играло решающую роль в процессах образования нефти и газа. В настоящее время отложения неокома, анта и альба регионально нефтегазоносны как на Атлантическом шельфе Африки, так и на шельфе Южной Америки.
В то же время участок литосферы между Африкой и Антарктидой уже вступил в следующую, спрединговую стадию своего развития. Отделение Индии от Африки еще не произошло. Здесь продолжается начальная деструкция литосферы с излиянием вдоль расколов базальтовых лав. Между тем в некоторых районах Гондваны, вероятно в районе современного Персидского залива, уже в первой половине мела могли возникать и процессы поддвига.
По мере раскола Гондваны и прогрева ее недр активизируются и процессы нефтегазообразования и нефтегазонакопленпя, о чем свидетельствует региональная нефтегазоносность нижнемеловых толщ.