Глаза современных моллюсков. Глаз осьминога (внизу) весьма сложен, а его элементы сходны с элементами человеческого глаза: роговица, радужная оболочка, хрусталик и сетчатка. Глаза многих других моллюсков проще. Самый простой глаз — у морского блюдечка (вверху), он состоит лишь из нескольких пигментированных клеток, слегка видоизмененных по отношению к обычным покровным клеткам. У брюхоногих плевротомовых моллюсков (второй рисунок слева) глаз немного более развитый. Он представлен группой пигментных клеток, расположенных в форме чашечки. Дальнейшие усложнения подобных структур позволили образоваться глазам головоногого моллюска наутилуса и брюхоногого мурекса, сложным, но устроенным проще, чем у кальмаров и осьминогов.
Биологи показали также, как сложные биохимические механизмы, например свертывание крови у млекопитающих или работа их иммунной системы, могли развиться из предшествовавших им более простых систем. Что касается свертывания крови, то некоторые из составляющих обеспечивающей этот процесс системы присутствовали у эволюционно более ранних организмов, о чем свидетельствуют исследования организмов современных (таких как рыбы, пресмыкающиеся и птицы), произошедших от общих с млекопитающими предков. Система свертывания крови млекопитающих сформировалась на основе этих предшествующих компонентов.
Кроме того, в ходе эволюции системы могут приобретать новые функции. Например, некая система может выполнять в клетке одну функцию, а затем приспособиться в ходе эволюции для выполнения других функций. Гомеотические гены представляют собой яркий пример того, как эволюция наделяет существующие системы новыми функциями. Молекулярно-биологические исследования показали, что одним из наиболее важных механизмов, позволяющих биологическим системам приобретать новые функции, служит дупликация (удвоение) генов. В ходе деления клеток фрагменты ДНК нередко удваиваются, в результате чего в клетках оказывается много копий одного и того же гена. Если эти копии передаются потомству, то одна из копий может по-прежнему выполнять в клетке первоначальные функции данного гена, а другая может в итоге измениться до такой степени, чтобы взять на себя новую функцию. Есть много примеров того, что те или иные биохимические механизмы, осуществляющие в клетках определенные процессы, возникли в ходе эволюции в результате дупликации участков ДНК.
Помимо того, что эти и другие стандартные аргументы креационистов не соответствуют научным данным, они также логически ошибочны, потому что основываются на ложной дилемме. Даже если бы эти аргументы действительно опровергали представления об эволюции, они все равно не подтверждали бы тех положений, на которых настаивают креационисты, потому что были бы возможны альтернативные объяснения. К примеру, было бы ошибочно утверждать, что, если мы не имеем свидетельств того, что на улице идет дождь, значит, за окном должно светить солнце. Отсутствие свидетельств о дожде предполагает и другие возможные объяснения. Научная гипотеза должна быть проверяема, для ее принятия в науке недостаточно критики в адрес другой гипотезы. Концепция разумного замысла ненаучна потому, что не может быть проверена на опыте.
За миллионы лет река Колорадо прорезала в скалистом плато ущелье, обнажив осадочные породы, накопившиеся за миллиард с лишним лет.
Креационисты иногда утверждают, что ученые, отстаивая концепцию биологической эволюции, преследуют свои корыстные интересы и поэтому отказываются принимать к рассмотрению другие возможные объяснения. Но и это утверждение основано на превратном понимании науки. Ученые непрерывно проверяют свои идеи в ходе наблюдений, а перед публикацией в любом уважаемом научном журнале передают свои работы коллегам для критического рецензирования содержащихся в них идей, данных и выводов. Необъясненные наблюдения стимулируют дальнейшие исследования, потому что могут предвещать возникновение новой научной дисциплины или новой области исследований в рамках какой-либо существующей гипотезы или теории. История полна примеров того, как ученые подвергали сомнению авторитетные теории, предъявляя научному сообществу новые данные и более убедительные объяснения наблюдаемых природных явлений. Кроме того, наука всегда включает не только элемент сотрудничества, но и элемент соревнования. Если исследователь придерживается каких-либо идей несмотря на свидетельства обратного, другие исследователи будут пытаться воспроизвести соответствующие опыты и без колебаний опубликуют данные, показывающие ошибочность его выводов. Если бы эволюционная теория столкнулась с серьезными затруднениями, многие ученые увлеченно стремились бы к славе первого предложившего более удачную проверяемую концепцию. В научной литературе нет жизнеспособных альтернатив эволюции не из-за корыстных интересов ученых или всеобщей цензуры, а из-за того, что эволюционные построения подтверждались и продолжают подтверждаться серьезными научными данными.