Так уж случилось, что в лихие 90-е страна корчилась в муках, пытаясь перестроить экономику на новый лад, а «Спартак» в это время побеждал. Жулики богатели, остальные с трудом сводили концы с концами, а «Спартак» выигрывал одно первенство за другим. Не странно ли это? Почему у других не получалось? Тайное стало явным в сентябре 2003 года — как выяснилось, «Спартак» побеждал не только благодаря мастерству игроков и финансовой поддержке дельцов с сомнительной репутацией. Оказалось, что всю команду кормили допингом.
В сентябре 2003 года перед матчем сборной России в Дублине руководство РФС обратилось в московскую антидопинговую лабораторию с просьбой проверить игроков сборной. Так, на всякий случай, во избежание международного скандала. И вот в организме двух спартаковцев, Титова и Ковтуна, был найден запрещённый препарат под названием «бромантан». Понятно, что они не смогли участвовать в игре, так же как спартаковцы из молодежной сборной — Павлюченко, Павленко и Белозеров. Уже через много лет бывший администратор «Спартака» Александр Хаджи не мог скрыть волнения, вспоминая о том, что тогда произошло:
«Как мы тогда под серьезные "молотки" не попали — ума не приложу! Надо Колоскову спасибо сказать. Ведь вся команда была, вся! И под такими дозами, что всё уже закристаллизовалось. В барокамерах с трудом выводили…»
Случись такое в советское время, все руководители клуба стали бы фигурантами уголовного дела, ну а сам «Спартак» оказался бы в низшей лиге, и это в лучшем случае. Но в 2003 году скандал не стали раздувать — отправили в отставку главного тренера Андрея Чернышова, его помощника Сергея Юрана и одного из врачей команды, Анатолия Щукина.
Итак, с началом нового тысячелетия всё изменилось — такое впечатление, что белое внезапно стало чёрным. Удивительное совпадение — бывший сотрудник КГБ стал президентом, и вольнолюбивый «Спартак» словно бы со страху покатился по наклонной. Нет, речь пойдёт не о допинге, а о финансовых проблемах. И снова «Спартаку» пришлось искать спасителя.
В 2002 году обладателем контрольного пакета акций «Спартака» и его президентом стал бизнесмен Андрей Червиченко. Но с ролью чудотворца он не справился и в 2004 году продал контрольный пакет акций «Спартака» вице-президенту ПАО «ЛУКОЙЛ» Леониду Федуну. Под руководством тренера Владимира Федотова команда снова вышла на второе место, лишь по дополнительным показателям уступив ЦСКА. Это место «Спартак» сохранил за собой и в следующие два года, а затем снова относительный провал — восьмое место, что, конечно же, недостойно чемпиона прежних лет. Сразу последовали оргвыводы и началась тренерская чехарда — за период с 2008 по 2016 год на посту главного тренера попробовали свои силы девять человек, включая тех, кто задержался на пару месяцев в статусе и.о.
И вот долгожданный взлёт на верхнюю ступень пьедестала почёта — это случилось после того, как команду возглавил Массимо Каррера. По составу игроков «Спартак» уступал главным конкурентам, но, тем не менее, одержал победу в привычном для себя атакующем стиле, буквально на одном дыхании. «Зенит» с ЦСКА и глазом не моргнули, как оказались на вторых ролях. Судя по характеру действий их игроков на поле, они должны винить себя, а не восхищаться мастерством подопечных Массимо Карреры. Его команда не показала ничего особенного, но вдруг откуда ни возьмись явился прежний, знакомый старожилам спартаковский дух и сделал своё дело.
Весомый вклад в победу «Спартака» внёс Квинси Промес, до начала сезона 2014/2015 игравший за голландский клуб «Твенте». По сути, он стал «палочкой-выручалочкой» для команды, не раз забивая голы за счёт индивидуальных действий и принося команде победу в ситуации, когда казалась неизбежной ничья или «Спартак» находился в двух шагах от поражения. Однако в сезоне 2017/2018 его пятнадцать голов и семь результативных передач не помогли команде подняться выше третьего места. «Спартаку» явно требовалось усиление, но вместо покупки новых игроков патрон клуба Леонид Федун принял решение продать Промеса. Финансовая выгода была очевидна — купили за 11 миллионов евро, а отпустили в «Севилью» за 21 миллион. И вот результат этой «диверсии» — в первых девяти матчах без Промеса клуб одержал всего две победы — следствием этого стала отставка Массимо Карреры. И началась тренерская чехарда, шесть главных тренеров за пять лет — Рауль Рианчо, Олег Кононов, Доменико Тедеско, Руй Витория, Паоло Ваноли, Гильермо Абаскаль.