Около двухсот лет комната сохранялась без изменений, пока не грянула Вторая мировая война. Музейные экспонаты из Екатерининского дворца начали отправлять в Ленинград, но Янтарную комнату эвакуировать не успели. Тогда стены заклеили тонкой бумагой, марлей, ватином и забили досками.
18 сентября 1941 года немецкие войска вошли в город Пушкин (бывшее Царское Село), а вслед за ними прибыла специальная команда, которая сразу взяла Янтарную комнату под охрану. Оказывается, в штабах армий группы «Север» имелся список ценностей, предназначенных для немедленного вывоза в Германию. Были перечислены пятьдесят пять объектов с точным указанием их местоположения. Янтарная комната значилась в перечне как «удивительное произведение искусства, созданное немецкими мастерами». Адольф Гитлер непременно хотел видеть этот шедевр в своем родном городе – австрийском Линце. Там фюрер намеревался создать грандиозный музей «арийских» произведений искусства. Но скорее всего, дело было не столько в немецком происхождении шедевра, сколько в желании Гитлера получать космическую энергию в тусклом свете янтаря. Преклонявшийся перед оккультными науками фюрер был наслышан о целебных свойствах знаменитого кабинета.
Однако из Пушкина Янтарная комната переехала не в Линц и даже не в Берлин, а в Кенигсберг. Как гауляйтеру Восточной Пруссии Эриху Коху удалось провернуть столь дерзкую операцию и не пострадать при этом – загадка. Но факт остается фактом: за тридцать шесть часов семь человек из строительного батальона демонтировали Янтарную комнату, и 14 октября 1941 года она была отправлена в Кенигсберг.
Увидев создание Шлютера и Туссо, директор кенигсбергского музея, доктор искусствоведения Альфред Роде пришел в ужас. Солдаты не церемонились, упаковывая панели в ящики. Однако Роде очень быстро удалось привести восьмое чудо света в более или менее нормальный вид. Уже 13 ноября 1941 года комната демонстрировалась в одном из помещений Орденского замка высшим чинам рейха. Затем реставрацию продолжили…
В феврале 1944 года в замке произошел пожар. Янтарная комната слегка пострадала. Альфред Роде немедленно упаковал ее в ящики и от греха подальше отправил в один из многочисленных подвалов Кенигсбергского замка. С тех пор ее не никто видел.
Сначала Роде говорил, что комната сгорела во время массированных бомбежек американо-британской авиации в августе 1944 года. Потом утверждал, что пожар уничтожил комнату во время штурма города советскими войсками. И в том и в другом случае он лукавил. Во-первых, подвалы Королевского замка расположены глубоко под землей и имеют очень толстые стены – никакой огонь не мог проникнуть сквозь них. Во-вторых, пламя не в силах полностью уничтожить детали крепежа панелей. В-третьих, имеются документы, написанные рукой самого Роде. Например, 2 сентября 1944 года после бомбардировок союзников директор музея докладывал: «Янтарная комната, за исключением цокольных панелей, цела и невредима». О том же свидетельствует и сотрудник ведомства по охране памятников Герхард Штраус: «В замке я встретил своего коллегу доктора Роде. Я узнал от него, что Янтарная комната в подвале уцелела. Сейчас ее вынесли во двор, и доктор Роде раздумывал, куда ее перепрятать. Остановились на подвальном помещении в северной части замка». И уже после взятия Кенигсберга в показаниях советскому коменданту Альфред Роде говорил следующее: «В последнее время имущество Янтарной комнаты было упаковано в ящики и размещено в северном крыле Кенигсбергского замка, где сохранялось до 5 апреля 1945 года». О дальнейшей судьбе сокровища германский искусствовед умолчал…
Ясно главное: тогда комната уцелела. Была ли она вывезена из Кенигсберга или оставлена в городе – неизвестно. Существует огромное количество версий по поводу ее местонахождения. По одним сведениям, нацисты пытались ее вывезти из города, но как именно, неясно. Порты Пиллау и Данциг тогда работали с полной нагрузкой и без передышки. Свободное пространство на кораблях заполнялось тюками, коробками, железными и деревянными ящиками, в которых находилось все что угодно: от столового серебра до уникальных произведений искусства и секретных архивов. Большинство транспортов вместе со всем грузом покоятся на дне Балтики. После войны специальными отрядами проводились судоподъемные работы по всему Балтийскому побережью. За счет «выловленных» судов советский флот увеличился чуть ли не вдвое, но Янтарной комнаты тогда не нашли.
Как вспоминал бывший танкист, майор в отставке Дмитрий Груба, во время окружения Кенигсберга был уничтожен большой немецкий обоз, пытавшийся по льду Висленского залива спастись от наступавших советских войск. После обстрела из танковых орудий весь обоз ушел под лед, а позже один из взятых в плен офицеров признался, что именно этот обоз и пытался вывезти из замка Бернштейнциммер Янтарную комнату. Но и в этом случае она теперь на морском дне.