В феврале 1944 года началось формирование эстонских пограничных полков («Греншутц регимент») путем объединения некоторых эстонских батальонов. Было создано 6 полков, которые активно использовались на Восточном фронте. Каждый из полков включал в себя три стрелковых батальона, артиллерийскую батарею и насчитывал до 3 тысяч человек. 1-й пограничный полк формировался из уроженцев Таллина, Раквере, Риизепере и Вазалемаа (всего 2800 человек).
Первоначально полк был дислоцирован в Печорах (Петсери). Впоследствии он был придан 207-й охранной дивизии и участвовал в боях за прибрежную зону озера Пейпус, где впоследствии нес охрану береговой линии. В мае 1944 года полк был придан 28-му Армейскому корпусу и вел боевые действия против советских частей в районе Вору. Плескау.
В июне того же года полк вошел в подчинение штабу специального назначения ЦБФ-300 и занял оборонительную линию на позициях у реки Обтоки. В августе полк ценой больших потерь сумел остановить наступление советских войск.
После отвода с линии фронта был расформирован.
2– й пограничный полк также был придан 207-й охранной дивизии и задействован на охране прибрежной зоны озера Пейпус. В марте полк был переброшен на линию фронта и придан 58-й немецкой пехотной дивизии. Здесь в августе полк отразил многократные атаки советских частей, после чего был переброшен на северный участок побережья оз.
Пейпус и позднее придан боевой группе 227-й немецкой пехотной дивизии, заняв позиции у р. Нарвы. Здесь полк был подчинен штабу ЦБФ-300. Осенью полк был фактически уничтожен в районе р. Эмайоги. Части личного состава полка удалось прорваться и выйти в расположение немецких войск, другая часть солдат и офицеров полка остались в лесах до окончания военных действий.
Аналогичная судьба была у 3-го, 4-го, 5-го и 6-го пограничных полков. Эстонский штаб специального назначения ЦБФ-300 16-й немецкой армии руководил боевыми действиями эстонских частей в Курляндском котле вплоть до капитуляции в апреле 1945 года.
С первых дней оккупации Эстонии началось формирование полка охраны побережья или «Раннакайтсе» под патронажем немецкого ВМФ. Командиром формирования был полковник Саарсен, офицер эстонской армии и сотрудник Абвера. Два батальона возглавляли эстонские офицеры майоры Мулларт и Коргмаа. Весной 1942 года перед руководством полка возникла дилемма: влиться в состав СС или быть расформированными. В результате полковник Саарсен распустил личный состав.
В апреле 1944 года началось формирование вспомогательных военно-инженерных, саперных и строительных эстонских подразделений. 10 тысяч уроженцев Эстонии 1904. 1918 гг. рождения были сведены в эстонские инженерные батальоны, служившие резервом для охранных полков. 1-й, 2-й, 3-й, 4-й, 5-й строительно-саперные батальоны были созданы для нужд группы армий «Север». Под контролем Вермахта был сформирован 42-й саперный батальон. В декабре 1944 года большинство эстонских вспомогательных батальонов было расформировано, а 5-й батальон включен в состав Штеттинского гарнизона.
Эстонские части Вермахта, СС и Люфтваффе
Одной из первых эстонских воинских частей, сражавшихся с частями Красной Армии, можно назвать полк под командованием полковника Ганса Кальма, который Эстония выставила в помощь Финляндии. Еще во время Зимней войны 70 эстонских добровольцев вошли в состав интербригады «Сису» в составе финской армии. Помимо эстонцев в ней воевали представители многих скандинавских стран.
К ноябрю 1943 года в рядах финской армии насчитывалось 1800 эстонцев, объединенных в один батальон. В феврале 1944 года батальон был переформирован в 200-й егерский пехотный полк (JR-200) под командованием полковника Эйно Куусела. 180 эстонцев окончили финскую военную академию, из них 147 человек получили звание лейтенантов финской армии. 1-й батальон 200-го полка вошел в состав 10-й финской пехотной дивизии и оборонял Карельский перешеек, 2-й батальон оборонял Выборг (Вииппури). Впоследствии 1-й батальон 200-го полка финской армии был придан 87-й немецкой пехотной дивизии и использован в сентябре 1944 года в боях на Восточном фронте. Кроме того, более 250 эстонцев служили в финском флоте.
В конце августа 1942 года генеральный комиссар Эстонии Лицманн издал приказ о создании эстонского легиона СС. Требования к добровольцам предъявлялись такие же, как и к немецким рекрутам СС. Для их подготовки был отведен полигон Гайделагерь близ г. Дебица в Генерал-губернаторстве (Польша). Из рекрутов были созданы три батальона, впоследствии объединенные в 1-й Эстонский добровольческий полк СС («1-Estnischen S.S. Freiwilligen Grenadier Regiment»). В марте 1942 года 1-й батальон легиона был включен в состав 5-й дивизии СС «Викинг» под наименованием «Эстонский добровольческий батальон. Нарва.». Оставшаяся в Гайделагере часть легиона проходила подготовку до марта 1943 года.