11 мая 1960 года Р. А. Руденко издал специальный приказ, который так и назывался «О повышении процессуальной самостоятельности следователя и его ответственности за производство предварительного следствия». В нем он писал: «Процессуальная самостоятельность следователя выражается прежде всего в том, что решения о направлении следствия и о производстве следственных действий следователь принимает самостоятельно, за исключением случаев, когда законом предусмотрено получение санкции от прокурора». И далее: «Следователь несет полную ответственность за законность и обоснованность своих решений... Осуществляя свою процессуальную самостоятельность, следователь не должен опасаться за принятые им решения по делу, исходя из тех соображений, что прокурор может с этими решениями не согласиться... Прокурор должен всячески поощрять творческую инициативу и находчивость следователя, ценить и уважать принципиальность следователя, помогать ему решительно и настойчиво разоблачать преступников, он должен повышать самостоятельность следователя и вместе с тем его ответственность за своевременное и законное производство предварительного следствия, за раскрытие каждого преступления». Приведем еще один аргумент Руденко из этого приказа. «То обстоятельство, что прокурор и следователь работают в одном учреждении, не должно, разумеется, отражаться на их процессуальных взаимоотношениях, определяемых законом и не зависящих от ведомственной принадлежности участников процесса».
Этот же приказ давал и некоторые гарантии процессуальной независимости следователя: городские и районные следователи могли назначаться на должность, перемещаться с одного места работы на другое, а также увольняться только по приказу прокурора союзной (без областного деления), автономной республики, края или области. Поощрять их за успехи в работе или налагать на них дисциплинарные взыскание за упущения могли только прокуроры, которые назначили следователя или вышестоящие прокуроры. Аттестация их была возложена на следственные отделы прокуратур республик, краев и областей, с обязательным утверждением отзывов прокурором республики, края или области. Предлагалось классные чины присваивать следователям городских и районных прокуратур не только по занимаемой должности, но и с учетом стажа, опыта и качества работы.
В мае 1962 года было торжественно отмечено сорокалетие органов советской прокуратуры. В приветствии Центрального Комитета партии и Совета Министров СССР, подчеркивалось, что «восстановление ленинских норм государственной жизни, ликвидация последствий культа личности, а также восстановление в своих правах прокурорского надзора имело огромное значение для укрепления социалистической законности в стране».
Вскоре после торжеств, проведенных в Москве, Генеральный прокурор направил на места обстоятельно подготовленный приказ «О мерах по дальнейшему совершенствованию деятельности органов прокуратуры в борьбе с преступностью и нарушениями законности». Отмечая позитивные сдвиги, происшедшие за последнее десятилетие в надзоре за законностью, некоторые положительные результаты в борьбе с преступностью, более активное привлечение общественности к деятельности органов прокуратуры Руденко подробно остановился и на главных недостатках, мешающих работе прокуроров и следователей.
Одним из них Руденко признал «неустойчивость» судебно-прокурорской практики, когда допускались ничем не оправданные крайности: от применения лишения свободы за все преступления, в том числе и за малоопасные, до либерального отношения к лицам, совершившим тяжкие преступления. Прокуроры все еще недооценивали предупредительное и воспитательное значение публичных судебных процессов, проводимых на предприятиях и в организациях, с участием общественных обвинителей.
Основное же острие своих критических стрел в этом приказе Руденко направил на работу следственного аппарата, органов дознания и розыска, назвав ее «особенно неблагополучной». Волокита, низкое качество расследования, неполная раскрываемость преступлений, необоснованные аресты и осуждения граждан, разобщенность в действиях органов прокуратуры и МВД как в центре, так и на местах, попустительство местничеству — далеко не полный перечень промахов и упущений, присущих, по мнению Генерального прокурора, следственной работе.
Досталось не только прокурорам на местах, но и работникам аппарата Прокуратуры СССР, где живая организаторская работа нередко подменялась составлением различного рода общих директив, многочисленных заданий, проведением так называемых комплексных ревизий, которые сводились с собиранию разного рода справок и сведений. Руденко признал, что отделы и управления Прокуратуры СССР и прокуратур союзных республик «запоздало реагируют на недостатки и ошибки в судебно-прокурорской практике, несвоевременно дают разъяснения по актуальным вопросам прокурорской деятельности, не проявляют должной инициативы в постановке важных общегосударственных вопросов дальнейшего укрепления законности и усиления борьбы с преступными проявлениями».