Депутаты левых фракций внесли два спешных запроса правительству с требованиями объяснений по поводу обыска 5 мая. Столыпин не стал уклоняться от ответа и немедленно, без всякой подготовки, сделал заявление. Он сказал, что
20 мая министр юстиции И. Г. Щегловитов объявил правительству о нахождении при обыске 5 мая документов, свидетельствующих о групповом участии членов Думы — социал-демократов — в противоправительственном заговоре.
1 июня, в пятницу, правительство неожиданно выдвинуло Думе ультиматум. Столыпин, присутствовавший на заседании Думы, попросил объявить заседание закрытым. Затем представитель прокуратуры зачитал постановление судебного следователя о привлечении к ответственности всей социал-демократической фракции Думы на основании результатов обыска 5 мая. Выступивший после этого Столыпин пояснил требования правительства: Думе предлагалось отстранить 55 депутатов от участия в заседаниях, а с 16 депутатов снять парламентскую неприкосновенность.
Столыпин завершил свою речь словами:
Дума категорически отказалась ответить на правительственный ультиматум немедленно, под председательством кадета А. А. Кизеветтера была создана специальная комиссия из 22 депутатов, которой следовало разобраться в деталях обвинения социал-демократов и доложить своё суждение Думе. Заседание продолжалось до глубокой ночи.
На следующий день комиссия начала свою работу. В комиссию прибыл представитель прокуратуры, и члены комиссии приступили к внимательному рассмотрению множества документов, изъятых у социал-демократов, и актов следствия. К вечеру А. А. Кизеветтер доложил, что комиссия не успевает закончить работу ни сегодня, ни в воскресенье, 3 июня. Дума постановила собраться вновь в понедельник 4 июня.
Тем временем Николай II подписал подготовленные правительством указы и сопроводил их напутствием:
Утром 3 июня 1907 года пришедшие в Таврический дворец депутаты обнаружили, что он закрыт, охраняется полицией, а на дверях прикреплён императорский манифест о роспуске Думы. 37 депутатов Государственной Думы были арестованы в ночь со 2 на 3 июня, непосредственно в тот момент, когда вступил в силу императорский указ о роспуске Думы и они лишились парламентской неприкосновенности.
В декабре 1907 года Особое присутствие Правительствующего Сената вынесло приговор по делу депутатов II Думы. 11 человек были осуждены на 5 лет каторги с последующей ссылкой, 15 человек получили по 4 года каторги с дальнейшей ссылкой, 12 подсудимых были сосланы на поселение. Бывшие депутаты распущенной Госдумы А. Л. Джапаридзе, В. Д. Ломтатидзе и С. М. Джугели умерли в тюрьме, Г. Ф. Махарадзе сошёл в тюрьме с ума. Бывший депутат Г. Е. Белоусов в 1911 году из ссылки бежал, но умер в 1916 году. Судьба бывших депутатов А. В. Архипова, М. Н. Вовчинского, А. В. Калинина, И. А. Петрова, Ф. И. Приходько, К. А. Рубана неизвестна. Остальные осуждённые после заключения оказались в ссылке, где и находились до Февральской революции.