Вернувшись из ссылки в 1912 г. в Петербург, Книжник стал посещать заседания Религиозно-философского общества (РФО). С детства впитавший религиозные предрассудки своей семьи, он, по его собственному признанию, присоединил затем к ним «идеалистические философские и религиозные предубеждения, воспринятые на лекциях профессоров Г. И. Челпанова и князя Е. Н. Трубецкого в Киевском университете и от чтения философских сочинений Вл. Соловьева и Бергсона»[19]. Вместе с тем вряд ли можно считать глубокими временные увлечения Книжника обсуждаемыми в РФО религиозными теориями: в его статьях, заметках и записках этого периода можно заметить нотки скептицизма и разочарования, так же как и в отношении толстовства, и анархистского коммунизма. Так, побывав на собрании РФО 15 декабря 1912 г., он написал в газету «Речь» заметку под заголовком «Борьба за религию», в которой критически описал обстановку, сложившуюся в обществе: доклад И. Д. Холопова был длинён, изобиловал цитатами и публика, слушая его, изрядно скучала. Оживление вызвали прения, в которых выступили Е. П. Иванов и Д. С. Мережковский, обвинившие докладчика «в рационализировании того, что иррационально», но, по существу, ничего докладчику не возразили и даже «не постарались помочь публике понять его». Такая обстановка подвигла Книжника резко высказаться в отношении РФО: было проведено шесть заседаний, но «в пёстром чередовании докладов нет плана и связи. На каждом собрании вся деятельность общества начинается как бы с самого начала и ничем за вечер не кончается». В борьбе за религию, по мнению автора, РФО «только топчется на одном месте». Занятия в обществе «могли бы много выиграть в основательности и продуктивности своего влияния на русскую интеллигенцию», делает вывод автор, при «некоторой планомерности в чередовании докладов и при более внимательном отношении к каждому докладу в отдельности»[20].
В 1916 г. Книжника призвали на военную службу и зачислили нестроевым писарем околотка в 178-й запасной пехотный полк, дислоцирующийся в Старой Руссе. К 1917 г. Иван Сергеевич всё сильнее и сильнее стал симпатизировать большевикам, активно пропагандируя социализм среди солдат. После Февральской революции от полкового комитета его посылают делегатом в Петроградский совет и уже Октябрьский переворот он принимает с большим энтузиазмом и почти с первых дней начинает сотрудничать в газетах «Известия» и «Правда», публикуя статьи с поддержкой новой власти в её планах кардинальных преобразований российского общества. Как пропагандист с большим стажем практической деятельности, Книжник активно включается в распространение и воспитание коммунистического мировоззрения среди народных масс. В послужном списке Ивана Сергеевича в первые послереволюционные годы – заведывание библиографическим отделом в «Красной газете» и отделом народного образования в Петроградском райсовете, работа в Петроградском пролеткульте, в котором возглавлял литературно-научный отдел; был он также членом редакции журнала «Грядущее», организовывал студию пролетарских писателей[21]. Одновременно читал курс политграмоты и курс «Основы коммунизма и Советской конституции» в школе красных командиров, в студиях Пролеткульта, в рабочих клубах, а с осени 1922 г. преподавал историю рабочего движения в Военно-хозяйственной академии, затем – в Петроградском государственном университете и в комвузе имени И. В. Сталина. Короткое время в 1925-м был директором Института книговедения, а по общественной линии активно работал в Петроградском научном обществе марксистов на должности председателя ревизионной и библиотечной комиссий. И, вместе с тем, писал и публиковал свои статьи в различных газетах и журналах: «Книга и революция», «Юный пролетарий», Красная газета», «Красная летопись» и др. Несколько раз Книжник, изживая в себе «мелкобуржуазную стихию философского идеализма и мистицизма»[22], подавал заявление в большевистскую партию, но всякий раз ему отказывали, мотивируя прошлым увлечением анархизмом. Но, как говорил сам Иван Сергеевич, он считал себя «непартийным» большевиком. Вместе с тем его дочь Любовь (1919 г. рождения) состояла в ВКП(б).