Отряд Кортеса был принят в Тласкале, где и началась подготовка осады Теночтитлана. С Кубы к Кортесу прибыло подкрепление, и в январе 1521 года по всем правилам военного искусства началась осада Теночтитлана, который был сразу же отрезан от поставок продовольствия и источников пресной воды. В августе был отдан приказ о штурме города, а 13 августа и город, и ацтекское государство пало. Кортес получил неограниченную власть и вплоть до 1524 года единолично управлял Мексикой.
В том же 1524 году он послал Альварадо захватить Гватемалу. Тот, еще даже не дойдя до Гватемальского нагорья, начал действовать теми же методами, что и в Теночтитлане. Впрочем, его задача была весьма облегчена тем, что две семьи майя – какчикелями и киче были не только весьма враждебно настроены друг против друга, но и постоянно воевали. Альварадо по отношению к индейцам вел себя крайне жестоко: деревни сжигал, а жителей бросал на растерзание псам. Восстание индейцев, объединившихся перед подобной жестокостью под предводительством Атлакатля, заставило испанцев отступить на север, а сам Альварадо при этом был тяжело ранен в бедро.
В 1527–1531 годах Альварадо получает от короля титул губернатора и аделантадо и селится в основанном им городе Сантьяго-де-лос-Кабальерос. Отсюда он рассылает отряды на покорение Белиза, Гондураса и Сальвадора и за свою деятельность на этом поприще удостаивается кавалерства ордена Сантьяго де Компостела.
В 1534 году Альварадо, втайне от короля, отправился на покорение Эквадора, но встретил там отряд людей Писарро во главе с Белалькасаром. Отряды чуть не сошлись в жестокой схватке, но в последний момент Альварадо одумался и вместо того, чтобы атаковать, продал свои корабли и боеприпасы Диего де Альмагро за 100 тысяч песо золотом. Альварадо погиб при подавлении очередного восстания индейцев: его сбросила собственная лошадь, он получил множественные переломы и через несколько дней скончался. В 1580 году его дочь перевезла прах в кафедральный собор Сантьяго-де-лосКабальерос. После его смерти в течение нескольких месяцев Гватемалой управляла его жена, которая погибла в потоках селя при извержении вулкана Агуа. Через некоторое время и собор, в котором был перезахоронен Альварадо, оказался в руинах. Земля майя не захотела оставить о своих поработителях никакой памяти.
В 1527 году Кортес, под давлением оппозиции, недовольной методами его правления, был вынужден оставить пост губернатора и через год отплыл в Испанию, чтобы отчитаться перед королем о своей деятельности. Несмотря на злословие его недругов, утверждавших, что к рукам Кортеса прилипло много королевского золота, государь не только удостоил Кортеса аудиенции, но и пожаловал членством в рыцарском ордене Сантьяго де Компостела. Спустя год Кортесу и его потомкам был пожалован титул маркиза Оахаки, но в губернаторской должности его почему-то не восстанавливали и не давали никакой другой взамен.
Между тем главнокомандующий войсками в Мексике Нуньо де Гусман продолжал разорять и истреблять индейцев, и в Испанию прибыла индейская делегация с жалобами на колонистов. Как специалист был вызван Кортес, и он… решительно встал на сторону индейцев. Благодаря этому ловкому ходу он смог убедить короля в своем милосердии и беспристрастности и вскоре получил должность военного губернатора Мексики. Но власть его уже не была абсолютной, одновременно с ним гражданским губернатором Мексики стал дон Антонио де Мендос.