Деятельность ссыльного протопопа в Тобольске не исчерпывалась, впрочем, одним протестом против патриарших реформ в деле церковных обрядов и, сообразно этому, происходила не только на почве убеждения и проповеди. Положение, занятое теперь Аввакумом, хотя бы и в силу лишь случайно сложившихся благоприятно для него обстоятельств, давало ему, во всяком случае, в руки власть, позволявшую проводить в жизнь идеалы положительного характера путем непосредственного воздействия на общество, и не такой человек был Аввакум, чтобы не воспользоваться этою возможностью. Смотря на себя как на носителя идей, освященных всем авторитетом церкви и потому составляющих непреложные истины, и вместе как на представителя духовной иерархии, обладающей широкой властью над обществом, он ставил известные требования к окружающим во имя своих нравственных идеалов, вооружаясь для их защиты как духовным авторитетом, так подчас и прямо материальной силой. Защищать же было что, так как на далекой сибирской окраине жизнь значительной части общества еще менее укладывалась в строгие рамки нравственности, чем в центральных областях государства. Аввакум не замедлил повести деятельную борьбу с проявлениями нравственной распущенности общества, и эта борьба скоро познакомила жителей Тобольска с личностью протопопа.
Уехал как-то архиепископ в Москву, и в его отсутствие произошло столкновение между Аввакумом и архиепископским дьяком Иваном Струной. Последний за что-то придрался к дьячку Аввакумовой церкви и “мучить напрасно похотел” его, но тот убежал и спасся в церковь. Струна, собрав людей, последовал за ним и туда и, ворвавшись в церковь во время вечерни, схватил стоявшего на клиросе дьячка за бороду. Тогда Аввакум покинул службу, запер церковные двери, так что пришедшие со Струною люди не могли войти в храм, и, принявшись вместе с дьячком за самого Струну, “посадил его среди церкви на полу и за церковный мятеж постегал его ремнем нарочито таки” и уже после того, приняв от него покаяние, отпустил его домой. Эта выходка не прошла даром не в меру рьяному протопопу: родственники Струны возмутили против него население города и в ту же ночь пытались вломиться во двор Аввакума, грозя схватить его и утопить. Только случай спас Аввакума, но и после того ему долго еще приходилось прятаться от раздраженных врагов и даже не ночевать дома из опасения нового нападения. “Мучился я, от них бегаючи, – рассказывает сам он, – с месяц тайно: иное в церкви ночую, иное уйду к воеводе. Княгиня меня в сундук посылала, – я-де, батюшка, над тобою сяду, как-де придут тебя искать к нам; и воевода от них, мятежников, боялся, лишь плачет, на меня глядя. Я уже и в тюрьму просился, – ино не пустят”. Наконец возвращение архиепископа избавило Аввакума от гнета постоянного страха. Симеон, найдя протопопа совершенно правым, за его дело и еще за другой проступок приказал посадить Струну на цепь. Дьяк, однако, ушел от этого наказания и явился к воеводе с доносом на Аввакума, сказав на него “слово и дело государево”, а воеводы отдали Струну за пристава сыну боярскому Петру Бекетову. Это вмешательство светской власти вновь изменило положение дела, и тогда архиепископ, подумав с Аввакумом, избрал иной путь для наказания непокорного дьяка и на неделе православия предал его проклятию в церкви.