Третьим общим вопросом в судьбе раскола, по которому приходилось Аввакуму, ввиду обращенных к нему настояний, высказывать свой приговор, были споры в среде самих раскольников. Раз возникшее движение не застыло в одной определенной форме, но по мере своего распространения, принимая в себя все новые элементы, сообразно их свойствам видоизменяло несколько и свой характер. Под общим знаменем оппозиции православной церкви объединялись различные стремления, раскол дробился на отдельные толки, и члены этих последних во взаимных отношениях проявляли ту же резкую нетерпимость, какой управлялись их действия относительно никониан. Аввакум обыкновенно порицал такую вражду и старался сдерживать ее проявления. “Тело наше, – писал он по этому поводу, – без души как кал, и пепел, и прах, а вы уже друг друга гнушаетесь и хлеба не ядите вместе, глупцы, гордитеся друг другом, а все одна земля и пепел”. Но сами споры являлись в его глазах неизбежными и даже полезными, так как они способствуют выяснению истины. “А что противятся друг другу, – писал он в другой раз, – пускай так! Тако истина и правда больше сыскивается... Грызитеся гораздо! Я о сем не зазираю. Токмо праведне и чистою совестию разыскивайте истину”. Такой взгляд не простирался, однако, у Аввакума на всю область богословских споров, а имел свои определенные и довольно узкие границы. Каждый раз, когда спорящие стороны касались вопроса, находившего, по мнению протопопа, свое решение в старине, он требовал безусловного признания последней. Сообразно с этим он с решительным осуждением относился ко всем учениям, которые возникали, по его мнению, из иноземной веры; так, он резко порицал не признававших иконы, как подражателей лютеран и кальвинистов; в этих случаях он от убеждения ослушников быстро переходил к угрозам наложить на них проклятие за еретические мнения.
Это рвение к старине не оберегло, однако, самого Аввакума от уклонения в ересь. При глубоко реалистическом направлении его ума, мало подготовленного к усвоению догматических тонкостей, для него оказалось достаточно опечатки одной из старых книг, в которой Троица была названа “трисущной”, чтобы отступить от некоторых догматов и учений православия. Он начал именно отрицать единосущность Троицы и, утверждая, что в ней три существа, как три лица, вместе с тем отделял Иисуса Христа от третьего члена Троицы. Из-за этого учения между пустозерскими узниками поднялась большая распря, так как Епифаний и Лазарь приняли сторону Аввакума, дьякон же Федор восстал против него. В пустозерской тюрьме благодаря этому разыгрывались тяжелые сцены: Аввакум, совместно с Лазарем, проклял Федора и настраивал против него тюремную стражу, с помощью которой завладел даже оправдательными сочинениями Федора и уничтожил их. “Что се, Господи, будет? – спрашивал доведенный до отчаяния Федор. – Тамо на Москве клятвы вси власти налагают на мя за старую веру и на прочих верных, и зде у нас между собою клятвы и свои друзи мене проклинают за несогласие с ними в вере же, во многих догматех, болши и никониянских!”... И после смерти Аввакума эта часть его учения продолжала вызывать сильные споры между раскольниками, закончившиеся тем, что она была отвергнута как несогласная с учением церкви.
Но не только в области церковных догматов Аввакум незаметно для самого себя сошел с почвы защищаемой им русской старины. С течением времени и некоторые другие стороны его мировоззрения испытали весьма существенные видоизменения. Говоря о таких изменениях, нельзя, правда, точно указать ни времени их возникновения, ни последовательности, в какой они появлялись, так как хронология сочинений Аввакума, по крайней мере, по отношению к значительному большинству их, до сих пор не установлена и едва ли может быть восстановлена при имеющихся данных. Но если мы не можем соблюсти строгой хронологической последовательности в изображении изменений взглядов Аввакума, то не представляется никакого затруднения в определении тех реальных условий, которые были непосредственной причиной этих изменений.