Изверженный из сана иерусалимским патриархом Нектарием, Лигарид прибыл в Москву в 1662 году по приглашению патриарха Никона для помощи и придания авторитетности его реформам. Однако после падения Никона сразу же от него отвернулся и на Соборе 1666–1667 годов активно помогал царю Алексею Михайловичу расправиться со своим бывшим благодетелем. Характерны взаимные отзывы друг о друге Никона и Паисия Лигарида. Никон утверждал, что Паисий «на развращение святей церкви новые законы вводит: ово от отреченных книг, ово от внешних баснословных блужений», «ложными шпынскими проклятыми книгами» руководствуется, обращается к нему: «новый раскольниче, а реку — еретиче», «новый Люторе, поругателю евангельский», «безумный раскольниче и преступниче святых отец установленных вечных предел», называет его «лицемером», «человекоугодником», «враждотворцем», «жидовским подражателем». Наконец, бросает в его адрес: «Ты же аще не имеешь, яко ворона, дому, от него взятися древу, но на разбойническом древе достойно тя есть повесити». В свою очередь, Лигарид в беседе с царём замечает о Никоне: «Поистине лучше было бы мне никогда не видать такого чудовища; лучше бы я хотел быть слепым и глухим, лишь бы не слышать его киклопских криков и громкой болтовни»…
Начитанный и обходительный Паисий сумел закрасться в доверие царю, угадав сокровенные его мысли: поведал о пророчестве, согласно которому греков от турок якобы должен освободить именно царь Алексей. Сохранилась его книга «пророческих сказаний» под названием «Хрисмос». Архидиакон Павел Алеппский сообщает об этой книге следующее: «Мы (патриарх Макарий Антиохийский и сам Павел. — К.К.) добыли ещё от митрополита Газского другую греческую книгу, которую он составил в разных странах и из многих книг и назвал “Хрисмос”, то есть книга предсказаний. Она единственная и не имеется другого списка её. Содержит в себе предсказания, (выбранные) из пророков, мудрецов и святых, касательно событий на Востоке: об агарянах, Константинополе и покорении ими этого города — известия весьма изумительные; также о будущих и имеющих ещё совершиться событиях. Я заставил того же писца снять с неё также два списка. С большим трудом митрополит дал её нам для переписки, но он, то есть митрополит Газский, не желал этого, пока я не добился его согласия при помощи подарков, и потому, что ему стало совестно перед нами, и он разрешил нам списать её. Кто прочтёт эту превосходную книгу, будет поражён изумлением перед её пророчествами, изречениями и прочим содержанием…» Если уж достаточно хорошо знавшие Лигарида восточные иерархи всерьёз восприняли эту состряпанную иезуитами сомнительную компиляцию, то что уж говорить о недалёком и падком на лесть Алексее Михайловиче!..
За время пребывания в Москве Лигарид постоянно выпрашивал у царя деньги якобы на содержание Газской епархии, к которой уже не имел никакого отношения. Также подделал грамоту патриарха Дионисия Константинопольского, выдавая себя за патриаршего экзарха. Зарабатывал тем, что нелегально торговал мехами, драгоценными каменьями, вином и запрещённым в России под страхом смертной казни табаком. «У Газского митрополита, — сообщает Аввакум, — выняли напоследок 60 пудов табаку, да домру, да иные тайные монастырские вещи, что поигравше творят». Для этого церковного авантюриста не существовало не только нравственных и конфессиональных границ, но также и сексуальных. Подобно многим заезжим грекам Лигарид не был чужд «содомскому греху».
«Митрополит Паисий Лигарид, — замечает историк С. Зеньковский, — в свою очередь был проклят и отлучён от церкви своим же владыкой, патриархом Нектарием Иерусалимским, а за свои нехристианские поступки и измену православию скорее заслуживал находиться на скамье подсудимых, чем среди судей». Патриарх Нектарий в письме к царю Алексею Михайловичу писал, что Паисий Лигарид «называется с православными православным», а «латыни свидетельствуют и называют его своим, и папа римский емлет от него всякий год по двести ефимков». Ему вторил константинопольский патриарх Дионисий: «Паисий Лигарид лоза не константинопольского престола, я его православным не называю».
Однако, получив от патриарха Нектария такие компрометирующие сведения, царь вовсе и не думал изгонять Лигарида как обманщика и «папежника». Он… решил купить ему разрешение и прощение у иерусалимского патриарха. Уж слишком он в нём нуждался. Новый патриарх оказался более покладистым и за большие деньги дал такое разрешение, хотя впоследствии и пожалел и даже вновь запретил Лигарида в служении как «латынщика».