4 июля 1669 года из приказа Сыскных дел в Пустозёрск пришла грамота о немедленной постройке тюрьмы. Вскоре приказание было исполнено. «Тюрьмы нам зделали, — сообщает диакон Феодор в письме к семье Аввакума на Мезень, — по сажени, а от полу до потологу головой достать». Но и в темницах общение единомышленников продолжалось. «К старцу пойду посидеть в ево темницу», «у старца сижу», — писал Аввакум. Инок Епифаний становится в эти годы духовным отцом Аввакума.
Продолжалось общение с соузниками по «темничному заточению», продолжалось и общение с единомышленниками, остававшимися пока на свободе. Аввакум и его соузники поддерживали связи с внешним миром благодаря «верным людям», через которых им удавалось посылать на Русь свои «грамотки». «Грамотки» передавались сперва на Мезень, в Окладникову слободу, где в то время находилась в ссылке семья Аввакума, а затем — в Москву, в Соловецкий монастырь, в Поволжье и Сибирь. Они многократно переписывались от руки и рассылались во все отдаленные уголки Руси великой, где ещё продолжали верить и молиться по-старому.
В пустозёрской ссылке узникам суждено будет протомиться 14 лет, терпя голод, холод, наготу, мрак землянок, тяжёлый труд, унижения и оскорбления. Но такие суровые, нечеловеческие условия не смогли сломить духа Христовых воинов, вставших на защиту отеческой веры. В тюремных земляных ямах у полярного круга была создана настоящая литературная школа. Пустозёрскими «сидельцами» составлялись послания, апологетические трактаты, целые книги, обличавшие никоновские новины и защищавшие древлее благочестие. За годы пустозёрского заключения одним только Аввакумом было написано свыше сорока сочинений, в которых он то обращался к властям с увещанием вернуться к старой вере, то писал к своим единомышленникам и духовным чадам, ободряя их, возбуждая их ревность, увещевая их к страданиям за истинную веру, наставляя, как устроить свою жизнь, разрешая различные их недоумения. «Старообрядческие руководители как до, так и во время пустозёрской ссылки вели непрекращавшуюся оживлённую полемику с организаторами церковной реформы, критикуя издания Московского печатного двора, — пишет Н.Ю. Бубнов. — Взявшись за перо, пустозёрские “сидельцы” с успехом противопоставили себя и свои писания мощной корпорации господствующей православной церкви, в ведении которой находились сотни людей — писатели, справщики, переводчики, библиотекари, а самое главное — мощные государственные типографии. В подобных условиях соперничать с идеологическим противником в борьбе за читателя можно было лишь обратившись к испытанным дедовским методам, а именно — использовать традиционную на Руси переписку книг от руки. При этом основную работу по тиражированию книг и их распространению должен был взять на себя сам читатель».
Писали и сподвижники Аввакума — инок Епифаний, священник Лазарь и диакон Феодор. «За 14 лет совместного заключения в непомерно суровых условиях, лишённые книг, бумаги и чернил, вынужденные общаться тайно по ночам, пустозёрские узники создали около ста оригинальных публицистических сочинений, в том числе послания, “беседы”, челобитные, “толкования” на различные священные тексты, автобиографические повести и жития. Эта эмоциональная, насыщенная художественными образами литература оказала огромное влияние на русскую читательскую аудиторию, и прежде всего на многомиллионное крестьянство» (Бубнов). Но и это ещё не всё. «За период ссылки пустозёрскими узниками были не только созданы эмоциональные публицистические сочинения для народа, но и организовано своеобразное подпольное “издательство”. Тематические сборники сочинений пустозёрской четвёрки, составлявшиеся чаще всего коллективно, редактировались самими авторами и передавались ими для переписки искусным писцам, жившим как в самом Пустозёрске, так и в Окладниковой слободе на Мезени. Переписанные “добрым письмом” рукописные сборники часто вновь возвращались к авторам, где вычитывались и заверялись собственноручными подписями, а затем переправлялись “верным” в Москву, Поморье, и в другие места для последующей переписки и распространения» (Бубнов).
Уже осенью 1669 года из Пустозёрска с неким Поликарпом была отправлена на Русь книга диакона Феодора «Ответ православных» — от имени всей пустозёрской «четверицы». «Еже от меня и от братии дьяконово снискание послано в Москву, правоверным гостинца, книга “Ответ православных” и обличение на отступническую блудню. Писано в ней правда о догматах церковных», — говорит протопоп Аввакум, который приложил к книге подробную одобрительную «рецензию» — «Припись ведения ради сему». Это своё сочинение диакон Феодор начал писать ещё в 1667 году в Москве. В «Ответе православных» диакон Феодор выступил не только как яркий полемист, убеждённый в своей правоте, но и как глубоко начитанный в святоотеческой литературе богослов: