В то же самое время старообрядец Герасим Шапочник поднялся на колокольню Ивана Великого и «метал» оттуда в толпу свитки с политическими карикатурами и «хульными надписями», обличающими царя, светских и духовных властей во главе с патриархом Иоакимом. Как выяснилось, оригиналы на берестяных хартиях изготовил сам протопоп Аввакум. Одна из таких карикатур, выполненная на бумаге, дошла до наших дней. На ней изображён круг «верных», а вне этого круга даны схематические изображения физиономий «вселенских» патриархов Паисия Александрийского и Макария Антиохийского и трёх русских новообрядческих иерархов — Никона, Павла Крутицкого и Илариона Рязанского. Подписи под изображениями гласят: «окаянный», «льстец», «баболюб», «сребролюбец», «продал Христа». Такого публичного позора власти простить не могли. Вскоре последовало решение об учреждении следствия по данному делу.
6 февраля 1682 года, в понедельник, в Москве открылся церковный собор. На нём присутствовали патриарх Иоаким, 8 митрополитов, 3 архиепископа, 1 епископ, 12 архимандритов и 10 игуменов. На рассмотрение собора правительство царя Феодора Алексеевича предложило план широкой, почти что революционной перестройки всей системы русской иерархии, который, впрочем, во всей полноте осуществлён тогда не был. Для противодействия старообрядчеству правительство желало увеличить число архиереев, с подчинением их патриарху и митрополитам, но собор предпочел учредить несколько новых независимых епархий для избежания распри между архиереями об их сравнительной «высости».
На Соборе 1682 года, как и на прежних соборах, делались от царя вопросы или предложения, на которые следовали соборные приговоры. 8 февраля 1682 года царь Феодор Алексеевич в письме собору спрашивал: «Как следует поступать с раскольниками?» — и получил разрешение собора поступать с ними «по государеву усмотрению». Тем самым собор передал в руки светской власти противодействие старообрядчеству, прося в то же время государя не давать своих грамот на строение вновь пустыней, уничтожить в Москве палатки и амбары с иконами, называемые часовнями, в которых священники совершают молебны по старопечатным книгам, и запретить продажу у Спасских ворот и в других местах «листочков» и «тетрадок» с выписками будто бы из Божественных книг. Вместе с тем особый отдел постановлений собора был направлен непосредственно против защитников древлего благочестия, которым запрещалось собираться на молитвы в частных домах и которых духовенство должно было отсылать к государственному суду для последующего наказания. Царская грамота того же 1682 года давала епископату новые, расширенные полномочия по борьбе с «расколом». Одним из итогов собора стало издание указа о старообрядцах, предписывавшего разыскивать их и сжигать в срубах.
Вскоре решения церковного Собора 1682 года, предающие старообрядцев «градскому суду», были воплощены в жизнь. В Пустозёрск был направлен капитан стрелецкого стремянного полка И.С. Лешуков, который провёл спешный сыск по поводу распространения Аввакумом из земляной тюрьмы «злопакостных» и «злохульных» писаний, направленных против царя и новообрядческих иерархов.
14 апреля 1682 года, в Страстную пятницу, по настоянию патриарха Иоакима, Аввакум был сожжён в деревянном срубе вместе со своими единомышленниками и соузниками — священником Лазарем, диаконом Феодором и иноком Епифанием. В литературе об Аввакуме можно часто встретить следующую мотивацию приговора о смертной казни пустозёрских страдальцев: «…за великия на царский дом хулы». Однако эти слова взяты не из официального документа, а из записок графа А.А. Матвеева, написанных уже после 1716 года. Что касается официального приговора о казни Аввакума и его соузников, то таковой до сих пор не обнаружен. Вполне возможно, что его попросту не было — расправа творилась втайне, чтобы не вызвать нового возмущения среди последователей древлего благочестия.
И подобные опасения были небезосновательны, как покажут последующие события весны — лета 1682 года. «Теперь мы знаем, что крещенская “замятня” была не случайным эпизодом, не актом отчаяния, не предприятием одиночек, — пишет А.М. Панченко. — Это было грозное предвестие знаменитой “Хованщины”, стрелецкого восстания весны и лета 1682 года. В нём переплелись социальные и конфессиональные мотивы. Активнейшим его участником был любимый ученик Аввакума, посадский человек из Нижнего Новгорода Семён Крашенинников, в иночестве Сергий».