В первые годы царствования Алексея Михайловича властью фактически распоряжался его «дядька», то есть воспитатель, ближний боярин Борис Иванович Морозов (1590–1661). Человек умный, ловкий, достаточно образованный и известный своей привязанностью к иностранцам и иностранным обычаям, Морозов неотлучно находился при царевиче в течение тринадцати лет, а впоследствии даже стал его свояком, женившись в 1648 году на А.И. Милославской, родной сестре царицы Марии Ильиничны, брак которой с царём незадолго до того сам и устроил. Именно Морозов познакомил своего воспитанника с Западом, обучал его космографии, географии, привил привычку носить западную одежду и вкус к хозяйственной деятельности. К несчастью, посеянная и взращённая в царевиче его воспитателем любовь ко всему заграничному сопровождалась пренебрежением к своему, отечественному, пренебрежением, которое впоследствии вырастет в отторжение, а у его сына Петра приобретёт формы поистине чудовищные, перерастая в лютую ненависть к старой Московской Руси. Даже такой благожелательно настроенный к Алексею Михайловичу историк, как В.О. Ключевский, писал: «Царь во многом отступал от старозаветного порядка жизни, ездил в немецкой карете, брал с собой жену на охоту, водил её и детей на иноземную потеху, “комедийные действа” с музыкой и танцами, поил допьяна вельмож и духовника на вечерних пирушках, причём немчин в трубы трубил и в органы играл; дал детям западнорусского ученого монаха (Симеона Полоцкого), который учил царевичей латинскому и польскому».
Существует ещё один миф, всячески поддерживаемый историками, — миф об особой набожности и благочестии царя Алексея Михайловича, о его невмешательстве в церковные дела и благоговейном отношении к церковной службе. Однако, по словам того же В.О. Ключевского, на поверку оказывается, что «ни мысль о достоинстве сана, ни усилия быть набожным и порядочным ни на вершок не поднимали царя выше грубейшего из его подданных. Религиозно-нравственное чувство разбивалось о неблаговоспитанный темперамент, и даже добрые движения души получали непристойное выражение».
В этом смысле характерно свидетельство архидиакона Павла Алеппского о поведении царя Алексея во время всенощного бдения, которое проходило в Саввино-Сторожевском монастыре в присутствии патриарха Антиохийского Макария. «Кончили службу, — пишет Павел, — и чтец начал первое чтение из жития святого, сказав по обычном начале: “Благослови, отче”, как обыкновенно говорят настоятелю. В это время царь сидел в кресле, а наш учитель на другом. Вдруг царь вскакивает на ноги и с бранью говорит чтецу: “Что ты говоришь, мужик, блядин сын, ‘благослови, отче’? Тут патриарх. Скажи: ‘благослови, владыко’!” Чтец затрепетал и, пав в ноги царю, сказал: “Государь мой, прости меня!” Царь отвечал: “Бог простит тебя”. Тогда чтец встал и повторил те же слова, а наш учитель произнес: “Молитвами святых отец”… Когда началось чтение, царь велел всем присутствующим сесть. От начала до конца службы он учил монахов обрядам и говорил, обходя их: “Читайте то-то, пойте такой-то канон, такой-то ирмос, такой-то тропарь таким- то гласом”. Если они ошибались, он поправлял их с бранью, не желая, чтобы они ошибались в присутствии нашего владыки патриарха. Словом, он был как бы типикарием, то есть учителем типикона (уставщиком), обходя и уча монахов. Он зажигал и тушил свечи и снимал с них нагар… С начала службы до конца царь не переставал вести с патриархом беседу и разговаривать».
В другой раз, уже в пору своих натянутых отношений с Никоном, царь, возмущённый высокомерием патриарха, поссорился с ним из-за церковного обряда прямо в церкви в Великую пятницу и выбранил его обычной тогда бранью, обозвав Никона «мужиком, блядиным сыном».
О самодурстве Алексея Михайловича свидетельствуют и другие факты. «Страдая тучностью, царь позвал немецкого “дохтура” открыть себе кровь. Почувствовав облегчение, он по привычке делиться всяким удовольствием с другими предложил и своим вельможам сделать ту же операцию. Не согласился на это один боярин Стрешнев, родственник царя по матери, ссылаясь на свою старость. Царь вспылил и прибил старика, приговаривая: “Твоя кровь дороже что ли моей? или ты считаешь себя лучше всех? ”». В 1660 году, когда князь Хованский был разбит в Литве и потерял почти всю свою двадцатитысячную армию, царь спрашивал в Думе бояр, что делать. Боярин И.Д. Милославский, тесть царя, не бывавший в походах, неожиданно заявил, что если государь пожалует его, даст ему начальство над войском, то он скоро приведёт пленником самого короля Польского. «Как ты смеешь, — закричал на него царь, — ты, страдник, худой человечишка, хвастаться своим искусством в деле ратном! Когда ты ходил с полками, какие победы показал над неприятелем?» Говоря это, царь вскочил, дал старику пощёчину, надрал ему бороду и, пинками вытолкнув его из палаты, с силой захлопнул за ним двери.