Вотчины основанных Никоном трёх монастырей составляли отдельно от патриарших обширную область, всецело подчинённую лично Никону. Монастыри эти скоро превзошли даже древнейшие обители, поскольку Алексей Михайлович по просьбе Никона приписал к ним 14 монастырей, находившихся в епархиях других архиереев. В связи с этим современники говорили: «Похищаяй бо той волк Никон, яко разбойник, грабя себе у святых монастырей села и вотчины, и у князей такоже отьемля всяко и к своим прилагая, и многия князи ослезил и монастыри оскорбил и разорил, и простых крестьян тяжкими труды умучил…» В ведение патриарха перешли и все приходские церкви, числом до пятисот, находившиеся в вотчинах Никона и приписанных к ним монастырей, с чем соединялось право суда, а также известные пошлины и дани. Получив столь значительные пожалования, Никон счёл их чем-то само собой разумеющимся. «И мы за милостыню царскую не будем кланятися… так как приимет (царь) за то сторицею и живот вечный наследит», — писал он. Крупным материальным средствам соответствовала и необычайная пышность, окружавшая Никона как в его церковно-служебной обстановке, так и в его домашней жизни. В административных делах Никон был строг и неумолим. Число запрещённых священников было при нем настолько велико, что местами некому было совершать требы. Для наблюдения за духовенством он имел своих особых подьячих и стрельцов; низшее духовенство жаловалось на тяжесть своей экономической зависимости, усиливавшейся от притязательных исполнителей патриаршей воли. Наконец, своим высокомерием и властолюбием, своим беспрестанным вмешательством в мирские дела Никон вооружил против себя бояр.
Летом 1654 года Никон приказал собрать по Москве иконы «нового письма», написанные в «латинской» и «фряжской» манере. Как пишет Павел Алеппский, «те иконы написаны были не по отеческому преданию с папежского и латынского переводу». На иконах были выскоблены лики и выколоты глаза. Стрельцы, исполнявшие обязанности царских глашатаев, носили эти иконы по городу и кричали: «Кто отныне будет писать иконы по этому образцу, того постигнет примерное наказание!» Такой безрассудный поступок зарвавшегося патриарха произвёл сильное смущение в народе. И это можно понять. «Так как все московиты отличаются большой привязанностью и любовью к иконам, то они не смотрят ни на красоту изображения, ни на искусство живописца, но все иконы, красивые и некрасивые, для них одинаковы: они всегда их почитают и поклоняются им, даже если икона представляет набросок на бумаге или детский рисунок. У всех ратников, без исключения, непременно имеется на груди красивый образ в виде тройного складня, с которым он никогда не расстаётся и, где бы ни остановился, ставит его на видном месте и поклоняется ему» (Павел Алеппский).
В июле того же года Москву неожиданно постигла тягчайшая эпидемия «моровой язвы» (чумы). Многими православными это было воспринято как наказание Божие за отступничество церковной иерархии от веры предков. В народе прекрасно понимали прозападную сущность церковной реформы Никона. Как бы в подтверждение этого последовало ещё одно страшное знамение: 2 августа произошло полное солнечное затмение. Вот как описывал протопоп Аввакум эти события в своем «Житии»: «А в нашей России бысть знамение: солнце затмилось в 162 году (то есть в 7162 году от Сотворения мира, или в 1654 году от Рождества Христова. — . К.), пред мором за месяц или меньши. Плыл Волгою рекою архиепископ Симеон Сибирской и в полудне тьма бысть… часа с три плачючи у берега стояли; солнце померче, от запада луна подтекала, по Дионисию, являя Бог гнев свой к людям: в то время Никон отступник веру казил и законы церковныя, и сего ради Бог излиял фиал гнева ярости Своея на русскую землю; зело мор велик был, неколи еще забыть, вси помним». У самого Аввакума во время мора в Москве умерли два брата («жили у царицы в Верху, а оба умерли в мор, и з женами, и з детьми; и многая друзья и сродники померли»).
Народ заволновался. Стали говорить, что чума и солнечное затмение — гнев Божий за надругательство Никона над святыми иконами. Вдобавок ко всему Никон вместе со всем царским семейством покинул столицу и переехал в Вязьму. Это также вызвало народное неудовольствие. 25 августа в Москве начался бунт против Никона — во время обедни народ пришёл к Успенскому собору с образом Спаса Нерукотворенного, на котором лик и подписи были выскоблены. Говорили, что за такое надругательство над иконами Господом послан мор. Народ обвинял Никона в том, что он покинул свою паству в минуту опасности, вместо того чтобы молиться о ней. Восставшие прямо называли вещи своими именами: «Патриарх ненадёжен в вере и действует не лучше еретиков и иконоборцев». Москвичи выступали против уничтожения икон и возмущались тем, что к книжной справе было допущено такое сомнительное лицо, как Арсений Грек, неоднократно менявший веру. Одним из главных лозунгов восставших было прекращение церковной реформы. Однако этот бунт против Никона вскоре прекратился — так же внезапно, как и начался…