В целом в царствование Алексея Михайловича продолжалось дальнейшее укрепление самодержавной, ничем не ограниченной власти царя. После 1653 года Земские соборы уже не созывались, зато достигла расцвета приказная система управления, интенсивно шёл процесс его бюрократизации. Особую роль играл учреждённый в 1654 году Тайный приказ, подчинённый непосредственно Алексею Михайловичу и позволявший ему руководить другими центральными и местными учреждениями. Во главе этого приказа становится некий дьяк Дементий Башмаков, которого Аввакум назовет
В 1645 году, после вступления молодого царя на престол, в Москве образовался кружок ревнителей церковного благочестия — так называемых боголюбцев. Возможно, что московскому кружку ревнителей благочестия предшествовал нижегородский, образовавшийся ещё в 1630‑е годы и состоявший из священников и светских лиц. Деятели кружка стремились к упорядочению церковной жизни, богослужения, распространению евангельской проповеди. Боголюбцы понимали необходимость определённых церковных реформ, призывали к соблюдению христианской морали, много внимания уделяли проповеди, устраивали центры христианского просвещения, стремились поднять авторитет Церкви в глазах народа.
Смутное время оставило свой печальный след не только в хозяйственной и политической жизни Русского государства, но и в душе русского народа. Ещё в 1636 году девять нижегородских протопопов и священников во главе с Иоанном Нероновым обратились к патриарху Иоасафу с «памятью», в которой ярко обрисовали весьма печальную картину русских церковных нравов и просили принять неотложные меры для поднятия благочестия и спасения гибнущего православия. В храмах царят, указывалось в «Памяти»,