В ярких апокалипсических образах рисует деятельность Арсения Грека протопоп Аввакум: «И сего еретика Арсения Никон привезши к Москве с собою из Соловецкаго монастыря, царю охвалил и стал ево у себя держать, яко подпазушную змию. Егда же учинился патриархом Никон, нападе на святую церковь, подобен оному зверю, его же Богослов видя восходящ от земля и имяше два рога, подобна агнчим, и глаголаше, яко змий; и область перваго зверя всю творяше пред ним, и творяше землю и вся живущая на ней поклонитися первому зверю, иже из моря исходяща. Кожа его, яко кожа рысья; уста его, яко уста Львова; ноги его, яко ноги медвежьи; зубы его, яко зубы железны; ногти его, яко медяны, раздирая церковныя законы и истневая и попирая вся догматы. И того невернаго раба и врага Божия Арсения приставил к книжной справе на печатной двор. И почали книги казить и всякия плевелы еретическия в книги печатать».
Судя по сохранившимся документам, Арсений в 1662 году вторично окажется в ссылке на Соловках и лишь в 1666 году, видимо не без заступничества восточных патриархов, будет освобождён по царскому указу. Далее след его теряется. Неизвестна даже дата его смерти. Единственное указание на обстоятельства его смерти содержится у диакона Феодора. Рассказывая о бесславной кончине большинства реформаторов, Феодор пишет: «Грек Арсений еретик, иже Никона в вере развратил и новыя книги преводил, той при смерти разседеся, глаголют, и умре зле».
* * *
Патриарх Паисий Иерусалимский далеко не случайно послал в Москву донос на Арсения Грека. Дело в том, что вместе с ним из Москвы на Восток выехал учёный старец, ктитор московского Богоявленского монастыря, священноинок Арсений Суханов, которому дано было тайное задание в пути собрать сведения о новоявленном греческом учителе. Поняв, что вся правда скоро и без того станет известна русскому правительству, Паисий решил опередить Суханова и первым «сдал» Арсения Грека. В своё оправдание Паисий писал: «Я нашёл его в Киеве и взял с собою, а он не мой старец. Я того про него не ведал…»
Из документов известно, что Арсений Суханов в результате проведённого расследования узнал всю правду о своём греческом тёзке и также сообщал в Москву о его религиозных блужданиях.