В ночь на 1 декабря 1870 года в район Лесное, где располагался институт, явились сотрудники органов госбезопасности, при чинах полиции, в сопровождении директора Земледельческого института произвели в квартире профессора обыск. Поскольку Александр Николаевич часто занимался в лаборатории допоздна, то не каждый вечер возвращался на свою городскую квартиру, а ночевал по месту работы.
Во время обыска нашли, по мнению властей, сомнительного свойства литературу и револьвер. Всё это изъяли, а самого Энгельгардта, как опасного преступника, препроводили в Петропавловскую крепость и поместили в Алексеевский равелин. Арестовали и жену профессора, и наиболее активных студентов.
Александр Николаевич и его жена уже были на заметке у 3-го отделения, как люди, близкие в начале 1860-х гг. к обществу "Земля и воля".
Одновременно произвели обыск и в Петербургской квартире декана. Изъяли подозрительные бумаги и книги.
Положение декана института усугубилось тем, что информация о студенческих сходках стала известна императору. Чиновники представили дело как имеющее особо важное государственное значение.
Министерство государственных имуществ и Департамент сельского хозяйства поспешили освободиться от ещё недавно так уважаемого ими профессора. 5 декабря 1870 года А.Н. Энгельгардта из института отчислили.
Глава 25. ЖИЗНЬ ТРЕТЬЯ: ОПАСНЕЙШИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ ПРЕСТУПНИК
В середине января 1871 года следственная комиссия закончила разбирательство и квалифицировала его как "особое... дело о вредном и опасном политическом настроении воспитанников Земледельческого института и о бывших в нём осенью прошлого года противузаконных сходках и собраниях, имевших характер агитационных сборищ".
Главным виновником "крамольных событий" в Земледельческом институте признали А.Н. Энгельгардта. Следственная комиссия установила, что вопреки правилам, регламентировавшим поведение студентов, в институте существовали четыре учреждения - студенческая касса под названием "экономические суммы", студенческая библиотека, кухмистерская и лавочка, которые "при совместном жительстве большей части воспитанников в здании института сплотили их в самостоятельную корпорацию, со своего рода самоуправлением". А для библиотеки "приобретались сочинения преимущественно по социологии", не имеющие ничего общего с учебными руководствами, и что почти у всех обысканных воспитанников института найдены сочинения преимущественно политико-социального и экономического характера. Самой важной частью программы вечеров являлось "чтение статей и обсуждение различных вопросов, имевших исключительно политический и социальный характер". Однако доказать принадлежность Энгельгардта к какой-либо народнической организации так и не удалось.
Председатель "высочайше учрежденной в Санкт-Петербурге следственной комиссии" лично доложил Александру II дело о беспорядках в Петербургском земледельческом институте. Император повелел следующее: Энгельгардту, "принимавшему участие в студенческих сборищах и внушавшему воспитанникам института безнравственность и демократические идеи, воспретить педагогическую деятельность и учредить за ним полицейский надзор. Ввиду же вредного его направления и прежних предосудительных поступков, удалить его из Петербурга и, воспретив выезд за границу, предоставить ему избрать себе место жительства внутри империи за исключением столиц, столичных городов и губерний, где находятся университеты".
У Энгельгардта, как он писал в одном из своих писем, было два выхода: "поселиться "в доме своего богатого родственника в деревне, где бы мне был бы предоставлен полный городской комфорт и где я, отлично обставленный в материальном отношении, мог бы зарыться в книгах и, отрешившись от жизни, сделаться кабинетным ученым, или уехать в своё имение, страшно запущенное, не представляющее никаких удобств для жизни, и заняться там хозяйством. Я выбрал последнее". Именно, незадолго до этого доставшееся ему по наследству имение Батищево - крошечное сельцо в Смоленской губернии.
Отчасти это отвечало стремлению самого опального профессора. После выхода на пенсию он предполагал добровольно поселиться в деревне, где бы смог применить свои теоретические знания в практическом земледелии. "Помогло" правительство. Однако крах карьеры не вверг его в уныние. Сыграло свою роль и его желание испробовать свои силы на новом поприще. Ему хотелось оправдать своё заверение, данное с улыбкой близким: что он "не сопьётся" (а такая судьба постигала в то время многих разорявшихся помещиков).
С товарищами по работе проститься ему не разрешили, поэтому февральским днем 1871 года на вокзале учёного провожали лишь самые близкие люди. Некоторые знакомые просто побоялись приехать на вокзал, дабы не навлечь на себя подозрение в связях с опасным смутьяном. Россия теряла одного из выдающихся учёных-химиков своего времени. Так, например, познакомившийся с ним в ссылке В.И. Вернадский писал жене: