После демобилизации И. Д. Ермаков вернулся к преподавательской и клинической деятельности в Московском университете. В 1906 г. стал действительным членом Общества невропатологов и психиатров. В университетских стенах он проработал до 1921 г., пройдя путь от ординатора до заведующего психиатрической клиникой. Остался он в университетской клинике и в 1911 г., когда ее покинули его учитель В. П. Сербский и еще один видный деятель психоаналитического движения Н. Е. Осипов. Сербский и Осипов таким образом выразили свой протест против политики министра просвещения Л. А. Кассо, стремившегося ограничить студенческие свободы. С этого момента пути Ермакова и Осипова расходились все дальше, а отношения становились все более неприязненными, что, впрочем, характерно для личных взаимоотношений многих видных представителей психоаналитического движения.
И. Д. Ермаков успешно сочетал общественную и научную деятельность. В 1910–1917 гг. он был казначеем Благотворительного общества им. С. С. Корсакова. С научными командировками посетил Париж (в 1913 г. избран членом Парижского общества невропатологов и психиатров), Берлин, Берн, Цюрих, Мюнхен.
21 сентября 1913 г. И. Д. Ермаков выступил перед коллегами в университетской клинике с докладом об учении 3. Фрейда. С этого времени большинство его работ, увидевших свет, связаны с пропагандой психоаналитических идей. Его активность на этом поприще была такова, что впоследствии (в 1929 г.) журнал «Под знаменем марксизма», обличая в идеализме видных русских мыслителей, писал:
«Разве неизвестно, что по-русски Гуссерль читается Шпет, Фрейд, скажем, Ермаков, а Бергсон — Лосев?»
Накануне Февральской революции 1917 г. в журнале «Психоневрологический вестник» появилась статья Ермакова «О белой горячке». Интересно, что в работе на такую, казалось бы, специальную психиатрическую тему прозвучали патетические слова, ставшие, по сути своей, кредо будущих советских психоаналитиков:
Мы живем накануне новой эпохи в развитии нашего общества. Не уходить от действительности, не одурманивать себя призваны мы, — но расширить зрачки наши, постараться понять и разобраться в том, что нас окружает, и отдать все силы для того светлого будущего, которое (мы верим) ждет нашу страну.
В послереволюционные годы И. Д. Ермаков стал членом Совета психоневрологического музея-лаборатории и библиотеки профессора Ф. Е. Рыбакова, преобразованного вскоре в Государственный психоневрологический институт, при котором он организовал и возглавил отдел психологии. При этом отделе в 1921 г. был создан детский дом-лаборатория, где подопечные дети изучались с точки зрения проявлений бессознательных влечений. Детский дом располагался в красивом здании, известном москвичам как особняк Рябушинского. В 1922 г. шефство над этим учреждением принял союз германских горнорабочих «Унион», в результате чего детский дом стал называться «Международная солидарность». Контингент его воспитанников (весьма немногочисленный) составляли дети крупных советских и партийных руководителей, в том числе сын И. В. Сталина Василий. По признанию А. Р. Лурии, бывшего в ту пору секретарем Психоаналитического общества, «большого воспитательного эффекта работа наша не дала, но возможность заниматься интереснейшими проблемами науки в идеальных условиях мы на какое-то время получили».
В 1923 г. на базе детского дома был создан Государственный психоаналитический институт, который возглавил профессор Ермаков. В «Положении» об институте определялись его задачи:
а) организация научно-теоретических исследований в области психоанализа взрослых и детей;
б) научное изучение вопросов, вызванных государственными потребностями;
в) подготовка научных работников вузов в области психоанализа.
Последовавшие затем два года можно считать «золотой эрой» психоанализа в России. Эта эра, однако, была короткой: 14 августа 1925 г. Государственный психоаналитический институт по постановлению Совета народных комиссаров был закрыт. Прошло еще несколько лет, и фрейдизм в СССР был громогласно заклеймен как вредное буржуазное лжеучение. (Показательно, что в туже пору в нацистской Германии труды 3. Фрейда бросали в пламя костров.)