Тем не менее в возрасте 16 лет он поступил в баптистский университет Фурмана в Гринвилле, намереваясь стать священником, как когда-то обещал матери. В 1900 г. он получил магистерскую степень. Но в том же году скончалась его мать, фактически освободив сына от давнего обета, которым он уже тяготился. Вместо Принстонской теологической академии, куда он ранее намеревался поступать, Уотсон отправился в Чикагский университет. В ту пору, по воспоминаниям современников, он был «крайне честолюбивым юношей, озабоченным своим социальным статусом, стремящимся оставить свой след в науке, но совершенно не имеющим понятия о выборе профессии и отчаянно страдавшим от неуверенности из-за недостатка средств и умения вести себя в обществе» (в Чикаго Уотсон появился, имея за душой 50 долларов, и в годы обучения брался ради заработка за любую работу, побывав и официантом, и уборщиком).
В Чикагском университете в ту пору сформировалась оригинальная научная школа во главе с Джоном Дьюи и Джеймсом Энджелом. Дьюи, крупнейший американский философ, более известен у нас как теоретик школьного дела, поскольку именно интерес к проблемам народного образования привел его в 20-е гг. в Советскую Россию. (Позитивные отзывы о молодой советской педагогике не спасли, однако, американского гостя от последующей жесткой критики со стороны идеологически «подкованных» теоретиков советской школы.) Мало кому известно, что Дьюи являлся и крупным психологом; им, в частности, написан первый в США учебник психологии. Но не эта книга определила его роль в мировой психологической науке, а небольшая статья «Понятие о рефлекторном акте в психологии» (1896). До той поры главным исследовательским методом психологии являлась интроспекция — изощренное самонаблюдение немногочисленных экспертов, стремившихся выявить содержание состояний сознания. С чисто американским прагматизмом Дьюи призвал сменить цели и методы психологии: в центре внимания должно стоять не содержание, но акт, не состояние, но функция.
Ознакомившись с трудами Дьюи и Энджела, Уотсон увлекся психологией и занялся ее изучением. В 1903 г. он окончил университет, получив докторскую степень и став, таким образом, самым молодым доктором Чикагского университета. В том же году, чуть позже, он женился на своей студентке, девятнадцатилетней Мэри Икес. Однажды в качестве экзаменационной работы Мэри представила Уотсону длинное любовное послание в стихах. Неизвестно, какую оценку она получила на том экзамене, но своего она добилась. Правда, обаятельный преподаватель нравился не только ей, более того — многим молодым особам отвечал взаимностью, заводя бесчисленные интрижки. Терпения жены хватило на 16 лет.
Уотсон работал в Чикаго до 1908 г. в качестве преподавателя и ассистента Энджела. Здесь он опубликовал свой первый заметный научный труд, посвященный поведению белых крыс (дрессировкой крыс он увлекался еще в юности). «Я никогда не хотел проводить опыты на людях, — писал Уотсон. — Мне самому всегда претило быть подопытным. Мне никогда не нравились тупые, искусственные инструкции, которые даются испытуемым. В таких случаях я всегда ощущал неловкость и действовал неестественно. Зато, работая с животными, я чувствовал себя в своей тарелке. Изучая животных, я стоял обеими ногами на земле. Постепенно у меня сформировалась мысль о том, что, наблюдая за поведением животных, я смогу выяснить все то, что другие ученые открывают, используя подопытных людей».
Воспитанный в недрах Чикагской школы, Уотсон крепко впитал недоверие к интроспективной психологии и, следуя идеям прагматизма, наметил свой собственный путь в науке, на котором возможно было бы преобразование психологии в достаточно точную и практически полезную отрасль знания.
В 1908–1920 гг. Уотсон возглавлял лабораторию, а затем кафедру экспериментальной сравнительной психологии в Университете Джонса Гопкинса в Балтиморе, где широкий размах приобрели исследования поведения животных. Кстати, именно тот факт, что феномены поведения животных послужили Уотсону основой общепсихологических обобщений, стал краеугольным камнем критики его идей в советской науке (как будто учение Павлова не выросло из собачьих рефлексов!).
В Университете Джонса Гопкинса Уотсон пользовался огромной популярностью среди студентов. Они посвятили ему выпускной альбом и объявили самым красивым профессором, что несомненно является уникальным в истории психологии знаком отличия.