Искушение было слишком велико; Софья станет действовать по инстинкту самосохранения, станет изо всех сил, всеми возможными средствами отбиваться от судьбы, от терема, монастыря, с отчаянием полного силы и жизни человека, которого влекут зарывать живым в могилу. Она ищет около себя средств спасения и находит: стрельцы недовольны, их можно возбудить против нового правительства, но это можно сделать только обманом, сказавши, что старшего царевича Ивана, законного наследника престола, несправедливо обойденного, обиженного, извели родственники царицы Натальи, Нарышкины. Чрез это возбуждение можно заставить стрельцов истребить мнимых убийц царевича, истребить людей, советом, помощию которых была сильна царица Наталья, этим истреблением уничтожить возможность примирения между стрельцами и царем Петром, его матерью и оставшимися в живых ее приверженцами, связать неразрывно интересы стрельцов с интересами Софьи, ее брата и сестер, заставить их действовать в их пользу. Кровавая программа была в точности исполнена: родственники и приверженцы царицы Натальи истреблены, хотя царевич Иван оказался жив и невредим; его провозгласили царем, но свергнуть младшего брата Петра, прежде провозглашенного, которому уже присягнула Россия, не решились, отняли только правление у царицы Натальи и отдали его Софье.
Легко было понять, что смута этим не оканчивалась: это был только кровавый пролог драмы, а не развязка ее. Софья только отдалила решение страшного вопроса; вопрос оставался и волновал всех, не давал никому покоя. Стрельцы, раздражившие своим буйством вельмож и все мирное народонаселение, ежеминутно опасались следствий этого раздражения, видели в боярах непримиримых своих врагов и ждали от них справедливой мести; они боялись мести от целой России, боялись дворянского войска, которое могло собраться из областей и задавить их ничтожный сравнительно корпус. Стрельцы волновались от страха; каждому, кто находил в том свои выгоды, ничего не стоило пугать их внушением, что бояре уже решили истребить их; стрельцы волновались от страха, но своими волнениями наводили ужас на мирное народонаселение; оно не могло заснуть покойно в ожидании проснуться от набата и стрельбы, от зловещих криков «Любо!», которыми стрельцы приветствовали свои жертвы, принимая их на копья.
Правительница приняла энергические меры для прекращения стрелецких волнений.
Угрозою, что правительство покинет Москву, обратится к России, призовет на свою защиту дворянское войско, этою угрозою она заставила стрельцов отступиться от раскольников, которые, воспользовавшись смутою, пришли в Кремль, в самый дворец, чтоб спорить с патриархом в присутствии правительницы, и один из них решился сказать ей страшные, невыносимые для нее слова: «Пора вам, государыня, в монастырь; только царством мутите». Чтоб избавиться от любимого начальника стрельцов князя Хованского, человека очень беспокойного по своему властолюбию, Софья привела в исполнение свою угрозу — выехала из Москвы; Хованский был схвачен, привезен к правительнице в село Воздвиженское близ Троицкого монастыря и казнен без суда. Стрельцы забушевали, услыхав о казни своего любимого батьки, так их баловавшего, но скоро утихли, потому что бороться с дворянским войском им было нельзя. Софья усмирила стрельцов, самые буйные из них были удалены, но этими государственными мерами правительница уничтожила свои собственные средства, тогда как страшный вопрос о будущем оставался и все более и более приближался к своему решению.
Странная форма двоевластия была принята вследствие стрелецкого насилия; впрочем, она не могла очень беспокоить по неспособности Иоанна к правлению, по его болезненности, следовательно, и недолговечности, по неимению детей мужского пола. Но что успокаивало других, то мучительно тревожило Софью: Иоанн, ее единоутробный брат, недолговечен, а младший Петр, настоящий царь в глазах всех, растет, и, когда достигнет совершеннолетия, правительство Софьи уничтожится само собою. Что тогда? Поток крови уже прошел между Софьею и Петром; царское семейство представляло два враждебные лагеря, и ненависть между ними усиливалась день ото дня; примирение было невозможно; с обеих сторон зорко следили за движениями друг друга, приготовляли средства защиты…