Критика Милля была последней журнальной работой Соколова, появившейся в «Русском слове». В том расколе, который произошел осенью 1865 года в редакции «Русского слова» и завершился выходом из журнала Зайцева и Соколова, инициатива принадлежала именно Соколову, решившему «сделать стачку» против Благосветлова. В своих показаниях в комиссии Муравьева Соколов так рассказывает об этом эпизоде: «…По приезде в Петербург (из-за границы в 1865 году.
Раскол этот, вызванный формально требованием Соколова произвести экономическую реформу, имел под собой и более глубокие причины, о которых мы говорили выше (см. очерк о Благосветлове).
Вскоре после ухода из журнала Соколов был арестован. Причиной ареста послужило «знакомство и сношения его с коллежским секретарем Ножиным, уже умершим, который принадлежал к кружку лиц, известных под названием нигилистов, и подозревался в преступных сношениях с бывшим домашним учителем Худяковым, осужденным по приговору Верховного уголовного суда к лишению прав состояния и ссылке в Сибирь на поселение». 11 июля 1866 года Соколов «по необнаружению… каких-либо данных, по коим бы можно было подвергнуть его судебному преследованию», был освобожден из-под ареста с учреждением за ним полицейского надзора.
В «Автобиографии» Соколов, говоря о своем первом аресте, делает пометку: «Тут надо рассказать, как Муравьев напечатал о Ножине: «Основатели ада и руководители Каракозова». К счастью, Ножин умер 3 апреля в Марьинской больнице от тифа. Тем не менее Зайцева, Курочкина, Орлова, Соколова, друзей Ножина, арестовали». Это «к счастью» в данном контексте весьма примечательно. В сноске Соколов особо подчеркивает: «Пусть он расскажет это время до 18 апреля» — речь идет о первых двух педелях после выстрела Каракозова. После примечания Соколова редакция «Свободы», где печаталась первая часть «Автобиографии», пишет: «В следующем номере будет напечатано подробнее об этом времени, равно как и подробности об идее «Отщепенцев». Однако следующий номер «Свободы» не вышел. Тайна взаимоотношений Ножина и его друзей с подпольной организацией ишутинцев, из которой вышел Каракозов, пока не раскрыта. В литературе о Соколове высказывалось предположение, что он (а следовательно, и Зайцев) знали о готовившемся покушении. В «Отщепенцах» на материале истории с большой страстностью приводятся аргументы «за» и «против» убийства царя — факт, свидетельствующий о спорах, которые, по-видимому, велись в революционной среде конца шестидесятых годов о возможности и допустимости цареубийства.
На допросах, естественно, Соколов отрицал какую бы то ни было нелегальную основу своих взаимоотношений с Ножиным и его кружком. «Что касается до сношений моих с Ножиным, — показывал он, — то они ограничивались делами по переводу разных книг, из коих некоторые уже напечатаны».