Вдобавок ко всему вскоре после приезда Соколова в Красный Яр там началась эпидемия холеры. «Народу страсть сколько повыкосило», — говорил Соколов. Сам он отсиживался все это время в бане, запасшись питанием и неимоверным количеством спиртного. Холера Соколова миновала, однако здоровье его было в ужасном состоянии. «Сперва исполненная всяких лишений жизнь на Крайнем Севере, а затем пребывание в Красном Яру, отличающемся сильными жарами в летние месяцы, в такой мере ослабили его здоровье, что в настоящее время в письмах своих он постоянно жалуется на грудные страдания и на полное расстройство всей нервной системы», — писала в декабре 1871 года в прошении на имя шефа жандармов сестра Соколова.
В полном отчаянии Соколов 21 ноября 1871 года просит разрешения уехать в эмиграцию в Соединенные Штаты Америки, однако, как сообщило в ответ III отделение, «по доведении этого обстоятельства до высочайшего сведения государь император изволил отозваться, что подобного рода просьбы не должны быть удовлетворяемы».
Каково же было возмущение императора, когда 4 ноября 1872 года ему вынуждены были доложить, что политический преступник Соколов бежал из Красного Яра еще в ночь на 15 октября и что астраханские жандармы узнали о побеге Соколова, за которым были призваны установить «самое бдительное наблюдение», через 10 дней, а до Петербурга это известие дошло почти три недели спустя — 3 ноября.
По словам П. И. Якушкина, местные власти считали Соколова человеком «мирным и крайне спокойным, раскаявшимся в своих преступлениях и смиренно несущим законную кару», а потому почти не интересовались им. Однажды, «от нечего делать, г. исправник с прочими властями вздумали навестить кающегося грешника. Направились целой компанией к маленькому одинокому домику, где обитал скрытный отшельник, и, к ужасу своему, войдя в его келью, не нашли никого и ничего, кроме небольшого осколка зеркала, лежащей около него остриженной русой бороды, блюдечка с маслом, тупой бритвы и записки очень короткого содержания: «Прощайте, братцы, я уезжаю, спасибо вам за вашу любовь и ласку. Не поминайте лихом».
В донесении начальника Астраханского жандармского управления нерасторопность жандармов оправдывалась тем, что «в городе Красный Яр нет жандармского поста, и поэтому начальник Астраханского жандармского управления только спустя некоторое время после побега Соколова узнал об этом случайно и донес III отделению». На полях доклада царю рукой начальника III отделения написано: «Его величеству угодно было выразить удивление, что мы так несвоевременно узнали о побеге». Обстоятельства побега Соколова остались неизвестными III отделению. Не сохранилось описаний этого смелого побега и в мемуарной литературе. Известно только, что побег этот организовали чайковцы и что непосредственным организатором его был Сидоренко. В одном из документов III отделения высказано предположение, что Соколов из Красного Яра бежал в Соединенные Штаты Америки, — по-видимому, на том основании, что он просил Царя отпустить его туда.
Участник революционного движения семидесятых годов Э. Шишко указывал, что чайковцам помогал в этом революционный кружок, существовавший в Ставрополе и возглавлявшийся Ф. В. Волковским. Один из чайковцев, Н. Л. Чарушин, в конце своей жизни в ответ на запрос Б. II. Козьмина так объяснял побег Соколова: «Какую же цель преследовали чайковцы, вывозя из ссылки лиц, причастных к литературе? Главнейшей целью было создание за границей кадра литературных сил, не связанных цензурными условиями, из которого могли бы выделиться в ближайшем будущем и необходимые работники в руководящем революционном органе печати, о котором все время мечтали чайковцы. Этими же соображениями руководились и при вывозе Соколова, хотя в то же время, как и в других аналогичных случаях, были и иные мотивы: спасти незаурядного и опасного для правительство человека из тяжелого плена и тем самым причинить большую неприятность этому правительству».
Н. А. Чарушин сообщал, что Соколов бежал через Петербург и северную границу, где у чайковцев были связи с контрабандистами. Свидетельство Н. А. Чарушина подтверждается у Неттлау, который, со ссылкой на «Автобиографию», сообщает, что, бежав из Красного Яра, Соколов 20 октября уже был в Петербурге, и называет Анатолия Ивановича Сердюкова, одного из чайковцев, как лицо, оказывавшее ему помощь. 12 ноября 1872 года, указывает Неттлау, Соколов прибывает в Женеву, с 22 декабря 1872 года по 15 января 1873 года живет в Цюрихе. Кружок чайковцев предполагал, что Соколов совместно с Лавровым будет сотрудничать в журнале «Вперед».
Но все сложилось иначе. При расколе русской революционной эмиграции в начале семидесятых годов, когда начались ожесточенные теоретические бои бакунинцев с лавристами, Соколов с его давними симпатиями к прудонизму сразу же стал на сторону Бакунина.