Яицкие казаки, как и донские и другие, попали под контроль Москвы, правда, не сразу. Предания, сохранявшиеся в XVIII веке, связывали это с именем царя Михаила Федоровича — первого из династии Романовых (1613—1645). Уже упоминавшийся атаман Ф. Михайлов в «распросных сказках» (показаниях) поведал, что в свое время их предки были «людьми вольными», «жили они… немалое время своевольно, ни под чьею державою». Но однажды они, «собравшись, думали, у кого им быть под властию». Думали долго, наконец «послали от себя двух казаков — русского да татарина — к государю Михаилу Федоровичу с челобитьем, чтоб он, великий государь, их пожаловал, принял под свою протекцыю». Тот согласился и приказал дать казакам грамоту — им во владение жаловались-де Яик и земли около него «с вершин той реки до устья», они получали право «набираться на жилье вольными людьми», «служить казачью службу по обыкновению».
Трудно сказать, насколько рассказ атамана соответствовал действительности. Во всяком случае, яицкие казаки исходили в своей повседневной жизни из тех норм, которые упоминаются в условиях помянутой «протекцыи». Главное из них, конечно, — это неограниченный прием беглых, всякого рода вольных, охочих людей; это право формулировалось в известной тогда поговорке: «С Дона выдачи нет», одинаково применявшейся во всех казачьих областях. Правда, право это все больше стеснялось, особенно в XVIII веке. Петр I, например, послал в 1707 году на Дон карательный отряд князя Ю. Долгорукого, начавший жестокий розыск и возвращение беглых их владельцам. Но донцы во главе с К. Булавиным перебили всех карателей (около тысячи человек), и так началась Третья крестьянская война в России, продолжавшаяся до 1710 года. После ее подавления независимость Войска Донского была сильно стеснена.
Та же угроза надвигалась и на Яицкое войско. Так, в 1718 году на Яик прибыли поручик Темецкий и Кротков. Многих выявленных беглецов они вернули помещикам; непослушных, возражавших казаков били «смертным боем», выполняя царский указ — «с Яику пришлых помещиковых людей и крестьян отдавать по-прежнему помещикам с того году, как таковых отдавать велено с Дону» (то есть выдавать всех бежавших после 1695 года). Тогда же, по указу 3 марта 1721 года, казаков передали из ведения Коллегии иностранных дел в Военную коллегию.
Положение яицких казаков сильно ухудшается. Они протестуют, посылают станицы в Петербург, возлагая надежды на «доброту» царя, сетуя на его «неосведомленность», но всякий раз терпят неудачу. Их наивные иллюзии, вера в «хорошего» царя наталкивались на жестокость и непримиримость власть имущих во главе с их императорами и императрицами.
Правительства, одно за другим, шлют на Яик следственные комиссии, арестовывают челобитчиков, понуждают казаков к повиновению, неуклонно вводят новые порядки и правила, подчиняя Яик своему жесткому контролю. В этом они находили поддержку со стороны яицкой старшины, богатых казаков (домовитые, «послушная сторона»), которые стремились к сговору с властями в ущерб интересам основной массы бедных казаков (непослушные, «войсковая сторона»).
В марте 1723 года комиссия во главе с полковником Захаровым при содействии войскового атамана Мер-кульева в ходе розыска арестовала и приговорила к казни предводителей непослушных казаков, в том числе Ф. Рукавишникова, который незадолго перед этим ездил в столицу с челобитной. Он был арестован и выслан на Яик, где и погиб. В этом и следующем году на Яике провели перепись. После нее годными к службе признали только около 3,2 тысячи человек, остальные (а их было намного больше) потеряли казачьи права. Атаман и старшины стали, по существу, назначаться властями. Заменили старые воинские знаки: войсковой атаман вместо прежней насеки (посох в виде булавы, олицетворявший его власть) получил из столицы новую, «с надписью и государственным гербом»; оттуда же поступили новые клейноты — знамена, трубы.
Всем этим остались довольны лишь войсковой атаман и старшина — распоряжения Петербурга если и не избавляли их полностью от контроля круга, то, во всяком случае, значительно его ослабляли. В 30—40-е годы царские власти назначали войсковыми атаманами своих ставленников — Прыткова, И. Бородина, А. Бородина (его даже произвели в подполковники). Последний, управляя Яицким войском два десятилетия — с 1748 по 1768 год, допускал такие злоупотребления и издевательства над рядовыми казаками, что даже правительство вынуждено было его сместить и назначить нового атамана — Тамбовцева. Впрочем, он оказался ничуть не лучше своего предшественника.