Поэтому для помощи Тисо на первых порах немцы смогли выделить всего одну дивизию вермахта, в июле разгромленную в группе армий «Южная Украина» и наскоро пополненную резервистами из депо-дивизии «Бреслау» – 357-ю пехотную, и несколько отдельных батальонов, команд, дивизионов и «боевых групп»; общее количество вторгшихся в Словакию немецких войск не превышало двадцати тысяч штыков и сабель, плюс к этому командовавший подавлением восстания группенфюрер СС Готлоб Бергер мог рассчитывать на располагавшиеся в Восточной Словакии части 1-й венгерской полевой армии. Немцы довольно быстро овладели западными районами Словакии (в том числе Братиславой) и востоком страны (в том числе Дуклинским перевалом), но дальнейшее их продвижение в глубь охваченной восстанием территории (на Жилину, Зволен и Банска-Бистрицу) быстро остановилось.
19 сентября 1944 года командующим силами, предназначенными для подавления восстания, был назначен обергруппенфюрер СС Герман Хеффле. В его распоряжение были переброшены три дивизии СС («Галичина», «Татра» и «Хорст Вессель»), бригада СС «Дирлевангер» и ряд более мелких частей – в итоге немецкие войска стали насчитывать сорок шесть тысяч солдат и офицеров, в их распоряжении появились танки и тяжелая артиллерия.
Впрочем, восставшие тоже в это время получили подкрепление – на аэродром «Три дуба» под Зволеном была переброшена 2-я парашютно-десантная бригада Чехословацкого армейского корпуса, закаленная в боях, обстрелянная часть, которая в грядущих сражениях окажется самой боеспособной единицей среди сил восставших.
В целом общий баланс сил оставался за восставшими словаками – но командование восстанием избрало пассивную тактику обороны захваченной территории, что позволило немцам, сконцентрировав силы, наносить удары там, где им это было максимально удобно. Впрочем, даже в этом случае у словаков были шансы на успех – если бы не внутриполитические противоречия в стане восставших…
7 октября на территорию восстания от Бенеша прибыл дивизионный генерал Рудольф Виест (единственный словак из довоенных чехословацких генералов), чтобы возглавить войска восставших словаков, объявленных «1-й Чехословацкой армией»; с этого момента рвение словаков резко пошло на убыль – «чехословацкой» армией они быть не хотели ни при каких условиях!
Поэтому начавшееся в середине октября немецкое наступление оказалось более чем успешным – многие словацкие войсковые части просто разошлись по домам, ожесточенное сопротивление немцам оказывали в основном лишь партизанские отряды и бригады, где был велик процент советских военнослужащих. 27 октября немцы взяли Банска-Бистрицу, и с этого момента организованное сопротивление словаков завершилось – впрочем, довольно много участников восстания ушло в горы, где и дождались прихода Красной Армии.