Тридцать лет жил он так в затворе, сражаясь с духами тьмы, в великих подвигах, предаваясь день и ночь молитве, живя, так сказать, в Небе высотой своего созерцания, как будто он уже не находился в этом мире. И после такой жизни Бог дал ему благодать пророчества, столь великую, что ничто не могло остаться не обнаруженным перед его взором, где бы скрыто оно ни было: в закоулках совести людской, или в отдаленных местах, или во тьме будущего.
Людям, приходившим к нему как из отдаленных стран, так и из близи, он, когда это было нужно, объявлял то, что они считали навсегда скрытым в глубине своей совести. И, если они совершили тайно какой-нибудь большой грех, он увещевал их наедине ревностно и кротко, чтобы вызвать в них раскаяние и исправление. Он также заранее объявлял, будет ли разлив Нила, от чего зависит хороший или дурной урожай, большой или средний, и предупреждал людей, когда им угрожал гнев Божий, объяснял людям, чем они вызвали этот гнев, и уговаривал грешников смягчить Бога покаянием и переменой жизни.
Все это относится к менее интересному его предсказанию. К тем, которые в свое время наделали много шуму, принадлежит его пророчество о поражении эфиопян, когда они сделали набег на владения империи со стороны Сиены, первого города, который находится в Верхней Фиваиде, идя из их страны. Они сумели разбить по частям противопоставленные им войска, нанесли большой урон и захватили большую добычу. Можно было бояться, чтобы они не продолжали далее своих завоеваний, так как числом они сильно превосходили римские войска. Генерал, начальствовавший над этими войсками, не нашел лучшей помощи, как обратиться к совету и молитвам отшельника Иоанна. Итак, он пришел посоветоваться с ним, что ему делать. И служитель Божий ему ответил, обозначив при этом точный день, в который сбудется его пророчество, что он может без боязни идти на неприятеля, что он одержит в этот день над ним полную победу, что он обогатится от него военной добычей и захватит обратно то, что неприятель у него отнял. Все так и случилось. И когда этот генерал по возвращении из похода пришел благодарить его, он еще предсказал ему, что он будет пользоваться особыми милостями императора. И это в действительности оправдалось. Пришел посетить его другой офицер. Жена его, которую он оставил беременной, родила, как потом оказалось, в тот самый день, как он был у подвижника, и находилась при смерти. Святой сказал ему: «Ты, конечно, воздал бы славу Создателю, если бы знал, что Господь даровал тебе сегодня сына. Мать его в опасности, но Бог ей поможет и ты найдешь ее выздоровевшей. Спеши поскорее домой. Ты придешь туда на седьмой день по рождении ребенка. Назови его Иоанном. Воспитывай его у себя до семилетнего возраста, не позволяй ему иметь какие бы то ни было отношения с язычниками. И затем поручи его воспитание каким-нибудь инокам, чтобы они вырастили его в преданности и верности Богу».
Одна благочестивая женщина по имени Пимения, жившая в Фиваиде, чрезвычайно желала видеть преподобного Иоанна. Так как он не принимал лиц ее пола, то и для нее не сделал исключения из правила и удовольствовался тем, что велел ей передать через других разные советы. Особенно наказывал он ей не ехать в Александрию. Она по небрежности или потому, что забыла совет святого, поплыла по Нилу к этому городу. По дороге она остановила свое судно у Ниссий; ее люди сошли на берег, завязались ссоры с местными жителями — и те одного из них убили, переранили других, бросили в реку третьих, ничего не зная о запрещении отшельника Иоанна. Наконец, погрузили и ее в воду и принудили ее саму удалиться, угрожая в противном случае поступить с ней еще хуже.
Самые же знаменитые его предсказания были те, которые он сделал императору Феодосию Великому. Он заранее в разное время предупредил его о вторжении варваров в провинцию, о восстании тиранов и средствах укротить их и еще о разных событиях его царствования. Особенно важны были для Феодосия те советы, которые он спросил у преп. Иоанна относительно двух своих самых опасных врагов. Один из них был тиран Максим, победитель двух императоров Грациана и Валентиниана, из которых он первого убил в 383, а другого изгнал из его владений в 387 году. Иоанн уверил его в победе и предсказал, что он одержит ее без большого кровопролития. Доверившись его слову, Феодосии пошел на врага, — хотя имел меньше, чем тот войска, — разбил Максима в двух битвах в Паннонии, беспрепятственно перешел Альпы, преследовал его и, наконец, нагнал в Аквилее, где солдаты Феодосия отрубили Максиму голову.