Никола предрек Ивану всяческие беды, если он устроит бойню в Пскове, и якобы у царя немедленно издох его любимый конь. Этот факт является еще одним подтверждением тяжелой психической болезни царя. Однако царские опричники были в здравом уме и за недельное пребывание Ивана в Пскове сумели основательно почистить дома богатых горожан и церкви. Как сказано в летописи: «Кроме церковного причта взяли также казну монастырскую и церковную, иконы, кресты, пелены, сосуды, книги, колокола».
Убийств в Пскове почти не было. Всего-то убитых оказалось около 40 человек.
По приезде царя в Москву опричники, то ли по царскому указанию, то ли в инициативном порядке (последнее, по мнению автора, наиболее вероятно), начали кампанию против главных земских дьяков, которые были тесно связаны с кланом Захарьиных. Были арестованы государственный печатник И. Висковатый, глава Поместного приказа думный дьяк В. Степанов, глава Большого прихода И. Булгаков и глава Разбойного приказа Г. Шапкин.
Допросив с пристрастием нескольких новгородцев, привезенных в Александровскую слободу, опричники без особого труда получили нужные показания против Висковатого и его покровителей Захарьиных. Новгородцы показали, что Пимен и его сообщники «ссылалися к Москве с казначеем с Микитою с Фуньковым и с печатником с Иваном Михайловичем Висковатого, и с Семеном Васильевым сыном Якова». Иван Грозный объявил, что дьяк Висковатый «написал королю польскому, обещал ему предать крепости Новгородскую и Псковскую». Заодно Висковатого обвинили в связи с крымских ханом и турками: он-де хотел, «чтобы крымский хан забрал Русскую землю».
25 июля 1570 года в присутствии царя и царевича Ивана Ивановича были казнены дьяки Висковатый, Фуников, Степанов и Шапкин с семьями. По приказу царя роль палачей исполняли земские бояре и руководители опричнины.
Опричники хотели заставить Висковатого публично признать свои «преступления» и просить царя о помиловании. Но гордый печатник отвечал на все уговоры проклятиями: «Будьте прокляты, кровопийцы, вместе с вашим царем!» Висковатого повесили на крест и живьем разрезали на части. Казнь его начал Малюта Скуратов, а кончил опричный подьячий И. Реутов. Затем на лобное место вывели казначея Фуникова, который также отказался признать себя виновным. Фуникова казнили, попеременно обливая то крутым кипятком, то ледяной водой. Потом пришла очередь других начальников приказов. Дьяка Г. Шапкина казнил князь В. И. Темкин, дьяка И. Булгакова — земской боярин И. П. Захарьин-Яковлев.
Почти одновременно с расправой над дьяками начались казни руководителей опричнины. Среди казненных были Алексей Басманов и его сын Петр, Захарий и Иона Плещеевы, Афанасий Вяземский и другие. Своего любимца Федора Басманова царь пожалел и отправил в заточение на Белоозеро, где тот вскоре и умер.
Пока царь воевал в Ливонии с немцами, поляками и шведами, а внутри страны — со своими подданными, существенно усилились набеги крымских татар на Русь. За 24 года Ливонской войны больших и средних набегов татар не было только в течение трех лет.
Весной 1571 года хан Девлет Гирей со 100-тысячным конным войском в очередной раз двинулся на Русь. Навстречу ему к Оке подошло 50-тысячное земское войско под началом воевод князя Ивана Дмитриевича Бельского, Ивана Федоровича Мстиславского, Михаила Ивановича Воротынского, Ивана Андреевича и Ивана Петровича Шуйских. Туда же отправился и сам Иван Грозный с тремя полками опричников. Впереди шел сторожевой полк боярина Василия Петровича Захарьина-Яковлева, за ним — передовой полк князя Михаила Темрюковича Черкасского и государев полк во главе с князем Ф. М. Трубецким.
Девлет Гирей сумел обмануть воевод и опричников и, как сказано в летописи, «неизвестно где переправился через Оку». Узнав о переправе татар, Иван с опричниками в панике бежал в Александровскую слободу, а оттуда — в Ростов.
Русские же воеводы с земским войском совершили стремительный марш к Москве и 23 мая расположились внутри Земляного города. 24 мая татары подошли к Москве. Стоял жаркий солнечный день, столь же жарким был и весь май. Передовые отряды татар зажгли предместья Москвы. Сильный ветер занес огонь в Земляной, а затем и в Белый город. Уцелел лишь Кремль. По словам летописца: «Людей погорело бесчисленное множество. Митрополит с духовенством просидели в соборной церкви Успения. Первый боярин, князь Иван Дмитриевич Бельский, задохнулся на своем дворе в каменном погребе, других князей, княгинь, боярынь и всяких людей кто перечтет? Москва-река мертвых не пронесла: нарочно поставлены были люди спускать трупы вниз по реке. Хоронили только тех, у которых были приятели».
Пожар и боязнь перед русскими войсками не дали татарам пограбить Кремль. В тот же день Девлет Гирей поспешно ушел назад. В районе Москвы и на обратном пути татарам удалось захватить 150 тысяч пленных, разумеется, не воинов, а мирных жителей.