Император Николай II особенно любил этот Феодоровский монастырь за его посвящение Феодору Стратилату и пребывание в нем чудотворного списка Феодоровской иконы. Феодоровская икона Божией Матери получила свое название в XII в. от великого князя Ярослава Всеволодовича, отца князя Александра Невского, носившего во святом крещении имя Федора в честь Феодора Стратилата. Феодоровская икона как благословление отца, постоянно находилась при Александре Невском, была его моленным образом. Особенно широкое почитание Феодоровской иконы началось в XVII в., после прекращения смуты в России и избрания на царство первого представителя династии Романовых – 17-летнего Михаила Федоровича Романова. Посольство из Москвы в Костромской Ипатьевский монастырь (где пребывали тогда Михаил Романов и его мать – инокиня Марфа) принесло московскую чудотворную Владимирскую икону Богоматери и почитаемую чудотворной местную Феодоровскую – Костромскую икону Богоматери. Инокиня Марфа не хотела отпускать сына на царствование, он сам тоже не хотел быть царем (знал о трудной судьбе русских великих князей и царей). Но после настойчивых просьб духовенства и членов посольства инокиня Марфа подвела Михаила именно к чудотворному образу Феодоровской Богоматери, упала на колени перед этой иконой и со слезами сказала: «Буди Твоя Святая воля, Владычице; в твои руки передаю чадо мое, настави его на путь истинный, на благо себе и Отечеству». С тех пор считается, что Феодоровская икона является главной покровительницей царствовавшего рода Романовых. Феодоровская икона считалась моленным образом царей династии Романовых. Родовитые иностранки, становившиеся русскими царицами и великими княгинями, приняв православие, отчество себе брали, как правило, Федоровна. Николай II был очень религиозным человеком, православные святыни и символы значили многое в его жизни, поэтому он всегда был внимателен и щедр к Феодоровскому монастырю. Предсказание старицы этого монастыря о печальной судьбе Николая II и всей царской семьи оказалось верным.
В 1923 г. Феодоровский монастырь был закрыт. В 1931–1932 гг. разрушили монастырскую колокольню – главную высотную доминанту в Переславле-Залесском, в монастыре разместили военную часть, в Феодоровском соборе устроили тир. В 1998 г. Феодоровский монастырь возродили, но он в 1999 г. был присоединен в качестве приписного монастыря к Свято-Никольскому Переславскому монастырю, однако в начале XXI в. он снова стал самостоятельным. Сейчас численность монахинь в нем – немногим более 5 человек. В монастыре сохранились его основные храмы: Феодора Стратилата (1557), Введенский (1710), Казанский (1714), а также Святые ворота, стены и башни, часовня-колодец, жилые монастырские корпуса, кельи и странноприимный дом, трапезная. Но пока действующим является только Введенский храм, отличающийся удивительной акустикой. Люди воспринимают Феодоровский монастырь не только как религиозный центр, но и как своего рода памятник последнему русскому императору Николаю II и его семье, погибших от рук большевиков и канонизированных Церковью в конце XX в. Причислены к лику русских святых император Николай II, императрица Александра Федоровна и их дети: Ольга, Татьяна, Мария, Анастасия, Алексей.