Пока Филлип вел изыскания, одиннадцать судов, образующих Первый флот, стояли на якоре в Ботаническом заливе. Он вернулся 23 января и сразу же отдал приказы об общем отплытии в Порт-Джексон как можно скорее. Он причудливо объявил залив, как пересказывает лейтенант Кинг, «очень подходящим местом, чтобы образовать установление в нем».
К величайшему изумлению всего флота, 24 января два незнакомых корабля показались к югу от мыса Соландер — выступа полуострова, на котором сейчас находится обелиск в память о высадке капитана Кука в Ботаническом заливе. Кто бы это мог быть?! Одни предположили, что это английские корабли с дополнительными припасами, другие высказали догадку, что это были голландцы, «которые пришли помешать нашей высадке». Никто не ожидал увидеть какие-либо суда в этих непосещаемых водах, и мы легко можем представить себе удивление офицеров, матросов и заключенных при виде белых парусов. Более робкие рассуждали о возможности нападения, и «какое-то время высказывались опасения, сопровождаемые самыми разными догадками, многие из которых были вполне нелепы».
Филлип, однако, припомнил, что французы либо намеревались отправить, либо уже отправили исследовательскую экспедицию в эти моря. Он был первым, у кого сформировалось правильное мнение о событии, но, желая убедиться, что он прав, он отправил из залива «Сапплай», чтобы подойти ближе к кораблям и поднять британский флаг. Лейтенант Болл, командир этого брига, вернувшись из разведки, доложил, что корабли точно не английские — либо французские, либо испанские, либо португальские. Он смог четко различить белый фон флага, который развевался над кораблями, «однако они были на слишком большом расстоянии, чтобы удостовериться, были ли на них другие флаги». Этот флаг, разумеется, изображал золотые лилии французского короля на белом фоне. Один из кораблей, как вспоминает Кинг, нес вымпел коммодора.
Это сообщение удовлетворило Филлипа, который страстно желал доставить своих людей на берег Сиднейской бухты, не теряя времени. Поэтому 25 января он решил отправиться туда на «Сапплае», чтобы совершить приготовления. Своим заместителем он оставил капитана Хантера на «Сириусе», приказав ему сопроводить флот к новому месту, как только представится возможность. Ветер тогда был слишком силен, чтобы все суда могли выйти из залива.
Между тем Лаперуз на «Буссоли» и «Астролябии» сражался с плохой погодой, пытаясь обогнуть мыс Соландер. Сильный ветер дул как раз оттуда, а французские фрегаты были недостаточно ходкими, чтобы идти одновременно и против ветра, и против течения. Весь день 24 января французы провели в виду Ботанического залива, в который не могли войти. Однако их сердца приободрило зрелище флагов и вымпелов одиннадцати британских судов, которые были четко видны, и перспектива встречи с европейцами пробуждала в них нетерпеливое желание скорее пристать к берегу.
«Сириус» уже готовился отплывать, когда французские корабли зашли в Ботанический залив в девять утра 26 января, однако капитан Хантер любезно отправил лейтенанта и мичмана с наилучшими пожеланиями и предложением любой помощи, которую был в силах оказать. «Я послал офицера, — пишет Лаперуз, — чтобы выразить свою признательность капитану Хантеру, у которого в это время якоря были уже почти подняты и марсели поставлены, и сообщить ему, что все мои потребности ограничиваются древесиной и водой, которые мы легко добудем в этом заливе. Я сознавал, что суда, которые прибыли основать колонию в таком отдалении от Европы, не могут быть чем-то полезны мореплавателям». Английский лейтенант, согласно Лаперузу, «пытался сделать большую тайну из задания коммодора Филлипа, и мы не осмелились задавать ему какие-либо вопросы на сей счет». Младший офицер не имел права сообщать какие-либо сведения без разрешения, однако он, вероятно, постарался окружить планы губернатора большей таинственностью, чем того требовали обстоятельства.
Еще на Камчатке французы узнали о намерении британцев основать поселение в Новом Южном Уэльсе. Но когда Лаперуз прибыл в Ботанический залив, у него не было определенного представления о том, каких успехов они достигли. По сообщению подполковника Патерсона, он ожидал увидеть построенный город с установившейся торговлей. Вместо этого он увидел, как первые колонисты покидают изначально назначенное для них место и готовятся обосноваться на другом. Однако когда он сам осмотрел Ботанический залив, то выразил убеждение в «уместности и настоятельной необходимости этой меры».