В первый год нового
Царь получил сообщение о кончине Патриарха под Нарвой, где находился с войском. Последнему необходим был Патриарх, сочувствовавший его преобразованиям, на которого он мог бы положиться, часто подолгу отсутствуя из Москвы. «Благоразумно ли было, – поясняет мысли Государя Соловьёв, – к сильной борьбе внешней и внутренней присоединить возможность борьбы с Патриархом, которая, и окончившись счастливо для Царя, во всяком случае, дала бы ему печальное значение гонителя, а жертва получила бы для многих и многих значение св. мученика?»
16 дек. 1700 г. состоялся именной указ: Патриаршему Приказу Разряду не быть, а дела по челобитиям мирских людей на духовных и духовных на мирских отослать по Приказам, где кто ведом; дела же о расколе и ересях ведать преосвященному Стефану, Митрополиту Рязанскому и Муромскому. Он наименован был: «Екзархом святейшего патриаршего престола, блюстителем и администратором».
Новый порядок, установленный Царём в Церкви в основном сводился к следующему: во главе церковного управления стоит местоблюститель патриаршего престола и, наряду с ним, для заведения хозяйственными делами, Монастырский приказ, со светским его начальником. Верховным авторитетом в делах религии признавался Собор архиереев.
Царь Пётр двадцать лет оставлявший незамещённым патриарший престол, понимал всё более, что иерархия, в подавляющем своём большинстве, не сочувствует его преобразованиям. Был издан регламент при манифесте. Соловьёв приводит его: «Между многими, по долгу богоданныя нам власти, попечениями о исправлении народа нашего и прочих подданных нам государствах, посмотря и на духовный чин и видя в нём много нестроения и великую в делах его скудость, не суетный по совести нашей возымели мы страх да не явимся неблагодарны Вышнему, аще толикая от Него получив благопоспешества в исправлении как воинскаго, так и гражданскаго чина, пренебрежем исправление чина духовнаго. И когда нелицемерный Он судия воспросит от нас ответа о толиком нам от Него врученном приставлении, да не будем безответны. Того ради образа прежних, как в Ветхом, так и в Новом Завете благочестивых Царей, восприяв попечение о исправлении чина духовнаго, не видя лучшего к тому способа, как соборного правительства, уставляем Духовную Коллегию, т. е. духовное соборное правительство, которое, по следующем зде регламенте, имеет всякие духовные дела управлять».
Архиепископ Филарет пишет: «В 1720 г. собран был Собор пастырей Церкви Русской. Под председательством самого Царя, Собор разсуждал о высшем духовном правительстве. Признано было полезным поручить управление церковью, вместо Патриарха, постоянному собору пастырей».
Указом от 14 февраля 1721 г. повелено было именовать духовный Собор Святейшим Правительствующим Синодом и возносить его имя вместо патриаршего в церковных молениях. В тот же день последовало торжественное открытие Святейшего Синода.