Возражала против переправления коня в город и предсказательница Кассандра, предрекая несчастье, но ее, как обычно, никто не слушал. Троянцы украсили храмы благодарственными венками и шумно отпраздновали окончание долгой осады Трои. Ночью, когда троянцы уснули, Синон разжег сигнальный костер, и греческий флот возвратился в Трою. Вышедшие из коня воины открыли городские ворота, и греческое войско хлынуло в город. Трою постигла участь взятого противником города: последовали многочисленные убийства, насилия, грабежи.
Неоптолем убил Приама, пытавшегося найти прибежище у алтаря Зевса. Менелай расправился с Деифобом, последним мужем Елены, а саму Елену отправил на свой корабль. Малый Аякс обесчестил Кассандру в храме Афины, что побудило статую обратить глаза к небу, чтобы не взирать на небывалое святотатство. Малолетнего Астианакса, сына Андромахи и Гектора, сбросили с крепостной стены, а Поликсену, прекрасную дочь Приама, принесли в жертву богам на могиле Ахилла.
О том, как Поликсена храбро приняла смерть, рассказывается в трагедии Еврипида «Гекуба»:
Согласно римским источникам, единственной пощаженной греками троянской семьей была семья Энея. Эней, взвалив на плечи своего престарелого отца Анхиса и тем самым проявив ценившееся греками благочестие, беспрепятственно вынес старца из города, объятого дымом и пламенем.
За время странствий Эней достиг Лация в Италии и, согласно римской традиции, в конечном счете, через своих потомков Рема и Ромула, основал Рим.
После взятия Трои греки поделили добычу. Агамемнону досталась Кассандра, Неоптолему — жена Гектора Андромаха, а Одиссею (или Гелену) — Гекуба. Лаодика, самая красивая дочь Приама, решила умереть, чтобы не попасть в рабство. Она обратилась к богам с мольбой, чтобы ее поглотила земля. Мольба Лаодики возымела действие: земля разверзлась и поглотила девушку на глазах у всех.
После разграбления Трои, когда греки уже готовы были отплыть, Калхас сообщил, что прежде чем возвратиться домой, надо умилостивить Афину за нанесенное Малым Аяксом оскорбление ее жрицы. Греки решили закидать Аякса камнями, но тот нашел убежище у алтаря Афины. Все же позднее он получил воздаяние за свое святотатство.
В античном мире больше симпатизировали троянцам, чем грекам, и потому некоторые южные итальянские города претендовали на то, чтобы считаться основанными троянскими беженцами. В «Энеиде» Вергилия рассказывается, что Рим основали потомки Энея, а император Август настаивал на своем происхождении от Энея, поскольку это давало ему возможность претендовать на божественность, ведь Эней — сын Афродиты (римской Венеры).